DISK1OPEN
主角登场后用火把桌上的灯点亮，之后船上的盗贼问是谁，这里可以选择主角的名字。原来主角也是船上的盗贼，寒暄之后一位龙头人身的怪物袭来，在战斗时可以使用“ぬすむ”指令来偷取敌人的物品，在这里可以从敌人身上得到“リスト”和“メイジマッシヤ-”这两样道具。原来那怪物不是别人，是盗贼团“タンタラス团”的头目。之后盗贼们一起开会讨论这次诱拐アレクサンドリア国王女ガ-ネット姬的作战会议，在这里选择第2项。他们决定通过将要出演的歌剧来诱拐王女接下来转到黑魔导师ビビ的情节。在村里四处调查一下，可以得到不少怪兽卡片和道具，其中在村子下放的广场上可以得到特殊道具，好象是一种特殊的票。之后进入村中央，在中间的屋子里把得到的票叫给那个大块头。之后一直往左走，来到一条胡同里发生老人上梯子修理房屋的情节。(因为ビビ想看アレクサンドリア国将要出演的歌剧，而那个偷梯子的小孩可以帮助他)，之后跟着那个偷梯子的小孩，最后来到一个塔底下，在这里可以SAVE一下。然后爬上塔顶，通过民房来到剧院顶上......(因为ビビ胆子很小，所以在过房顶时双腿不断发抖...)精彩的歌剧终于开始了，主角扮演的角色和另外一位演员表演比剑。在这里考验玩家的反应，玩家需要根据画面的提示输入指令，根据输入的准确程度，观众和女王有满足度，当她们满足度高时(大概85吧，我达到93)可以得到相应的金钱。
主角的戏演完后回后台休息，这时开始了他们诱拐王女的计划...主角来到2楼后意外的邂逅了正打算逃离王城化装成白魔导师的王女ガ-ネット姬......主角本能的对漂亮女孩调侃，但王女没时间和这个家伙纠缠，把主角撞了好几个圈，然后飞一样的下楼，主角立刻感到这个女孩可能就是王女ガ-ネット，于是追过去...
王女出走后，王城内一片大乱...女王下令让队长スタイナ-追王女ガ-ネット回来。与此同时主角继续追着王女，当主角再次找到王女后，她表示自己就是这里的王女，希望主角能假装将自己诱拐带出城去(主角想...正和我意...)，主角表面上毅然同意了王女的要求，这时搜索王女的スタイナ-追了上来，于是主角和王女一起逃走...当他们逃到演出会场时，スタイナ-也追了上来，为了不破坏演出气氛，他们即兴做出了表演，演出了歌剧最动人的一幕，演出非常成功，女王也十分满意...这时偷看演出的ビビ被卫兵看到，拼命的跑，不小心也跑到了台上，当ビビ用火魔法威胁卫兵不要过来时，不小心烧着了在地上装死的王女ガ-ネット......ガ-ネット大叫着跳了起来，身上白魔导师的外套掉了下来......穿帮了......
スタイナ-发现原来那个白魔导师就是王女ガ-ネット于是便追过来，主角带着ガ-ネット跑向飞空艇，接下来BOSS战。
当主角开着飞空艇正要飞离时，女王歇斯底里的喊要把他们用大炮打下来，飞空艇中炮后，迫降在一个神秘的树林里。这时モ-グリ出来介绍了本游戏的新系统ACTIVE TIME EVENT (A.T.E)这时可以SAVE一下，之后进入“魔の森”，由于王女ガ-ネット失踪众人决定去森林里寻找ガ-ネット的下落。(在这里主角可以稍微练一下等级，并且在战斗中可以从敌人身上偷到不少回复剂和复活用道具，战斗中同时按L1+R1可以逃跑)在森林深处进行BOSS 2连战。注意不要攻击王女ガ-ネット或使用全员攻击特级否则GAME OVER，当第2次打BOSS时，可以从它身上偷到武器和防具。胜利后发生A.T.E。怪物由于不敌主角逃走，在逃走前放了大量毒气，大家只好回飞空艇解毒......
回到飞空艇处主角探望了ビビ，出门后主角不禁回忆起和ガ-ネット邂逅的情景。第2天主角决定要去营救ガ-ネット，但受到盗贼团头目的阻拦，看来想营救ガ-ネット不得不击败盗贼团头目。接下来BOSS战，在战斗中可以从盗贼团头目身上偷取回复剂和武器アイアンソ-ド。击败了盗贼团头目后，一行人再一次前往“魔の森”。(在出发前最好在飞空艇上好好探索一下，可以得到不少道具。)进入“魔の森”后再次发生A.T.E。之后可以SAVE一下，然后BOSS战，在BOSS战时主角被K.O，这时盗贼团一位朋友ブランク前来援助。击败食人花怪物后，大家被森林里奇怪的生物袭击，只好拼命逃走，最后ブランク为了保护主角被石化......
众人一起离开(魔の森)，终于来到外界(魔の大陆)发生A.T.E(类似此系列的“初心者的小屋”在这里可以了解本作的基本系统)之后得到“モ-グリのたてぶえ”，可以在地图画面按方块召唤モ-グリ，然后可以SAVE，这时ガ-ネット正式加入，她有回复系魔法和召唤系魔法，但目前MP不足还不能召唤。
进入冰の洞窟(地图中间靠右)，在冰の洞窟让ビビ把冰冻的モ-グリ解冻后发生A.T.E。后可以SAVE，并接受モ-グリ的委托，然后和BOSS战斗。(之前可以把洞窟里的所有宝箱打开，其中有的宝箱需要饶路，有的需要把木头推倒......)可以从那个大怪兽身上偷到ミスリルダガ-，其附加的特技可令偷东西命中率提高。打到BOSS后一行人走出冰の洞窟，在出洞窟之前，ガ-ネット认为自己应该换个名字，当看到主角手里武器：匕首时感觉很特别，于是就起了个名字叫ダガ-，主角当然不会放弃这一讨好女孩子的机会，连忙夸奖这个名字不错......
众人向西来到“物见山”，在这里可以得到许多有关飞空艇的消息。之后来到“边境の村ダリ”(有2个宝箱和一个地点目前进不去)，因为村子很小。四人只好在一间房间里过夜，骑士为此还十分不满，但ダガ-却不以为然，就在主角和骑士斗嘴的时候，疲劳的ビビ已经进入了梦乡......夜里主角隐约听见有人唱歌......发生A.T.E之后可以SAVE一下。之后主角出门进入作侧屋子遇上ダガ-，对话时选“いい感じだぜ”然后选“ウソのぅまい女と思ったけどな”，之后可以调查宿屋上方的墙，可以看到ダガ-在自言自语......在村子里找到了ビビ。和主角谈论完女孩后发生A.T.E，在村子和其他人交谈后回到宿屋和ダガ-对话发生A.T.E，然后主角与ダガ-一起去找ビビ和スタイナ-。
走出宿屋向村北走，发现原来ビビ为了找陆行鸟被困在地下，于是两人开始找进入底下的方法，在村子上方，调查磨房旁边的井盖，下去后发现ビビ被人劫持，主角刚要上去救人，ダガ-赶忙制止说看清楚情况在动手.....两人再次进入劫持ビビ的地区，(在这里通过一些机关，可以得到一些道具)。最后在一个木箱里找到了ビビ，主角告诉ビビ以后要有勇气，如果再有人欺负自己的话就大声骂“你这混蛋!”......同时在这间屋子里发现了一台奇怪的机器--好象是把奇怪的烟变成蛋状的东西...继续前进发现这机器的动力居然是陆行鸟,而且看到那些蛋最后变成了黑魔导师......
故事转到スタイナ-这里，当主角们从木桶里出来时，吓了スタイナ-一跳，不过他马上就指责主角说他和王女之间应该注意身份...之后进行BOSS战，(这次的敌人是之前在冰の洞窟里BOSS的强化版-黑のワルツ2号)战斗中可以从BOSS身上偷到とんがり帽子和レザ-プレイト。胜利后主角们乘空飞艇向リンドブルム出发，但在途中遇到BOSS“黑のワルツ3号”的袭击，经过一番激烈的战斗后，不但击败了“黑のワルツ3号”而且还漂亮的躲开了追击。在和“黑のワルツ3号”的战斗中可以偷到“エスカッション”、“とんがり帽子”、“リネンキュラッサ”
终于进入リンドブルム城，这个城堡好大，先好好的逛逛，最后乘电梯来到了シド前面，但这个城堡的主人シド被人袭击并且变成了ブリ虫的样子了。与此同时，主角在酒馆遇见了三年不见的フライヤ......ダガ-和シド谈完话之后发生A.T.E。
画面转到主角一人行动，出屋后发生几段A.T.E，在这做城成里共分为商业区，剧场街，工厂区リンドブルム城(王城宿屋有方有卫兵看守进不去)。先在商业区逛逛，采购和合成一些武器/防具(最近这里比较流行卡片游戏，可以和他们进行对战，方法是按方块键和他们对话。)然后主角坐飞空艇来到剧场街，进入钟楼发生A.T.E，出钟楼后再次发生A.T.E。继续向下走来到一俱乐部，在这里许多女孩在等一位名星，这时从里面走出一个巨大的モ-グリ......回到钟楼上面的小屋，发现刚才的歌星也在，和他对话得到特殊道具“明星的歌”，仔细调查一下周围，还能得到其他道具。完成事件后回到飞空艇处返回商业区。接下来去工厂区，在这里的酒馆和其他地区可以得到一些有关新飞空艇的情报，而且仔细调查道路两旁还可以得到一些防具。(其中有一件防具的附加属性可以防止石化。)最后来到リンドブルム城，在宿屋遇到スタイナ-，说是去找ダガ-自己一个人走了。主角走出宿屋，听见ダガ-在唱歌，于是想上楼去见ダガ-，不过守门的士兵不让主角过去，于是主角骗宿屋下放的士兵说大事不好了，并把他骗到宿屋打昏，于是换上士兵的服装......主角上楼后看到ダガ-并夸奖她的歌非常优美。
狩猎祭开始后主角去剧场街，在12分钟内得分的一方获胜，胜利后可以获得各式各样的奖品。(其中主角在剧场街打完怪兽后来到工厂区，走右边的岔路可以打一个BOSS级怪物，这时主角的好友フライヤ来助阵。击败他肯定能赢这场狩猎祭，另外可以从他身上偷到2个好防具。)狩猎祭后，主角受到嘉奖和荣誉称号。就在这时，临国的士兵来求助，自己的国家被黑魔导师军团(ダガ-母亲所管辖)袭击。同时这也是フライヤ所在的国家，于是主角决定帮助フライヤ，虽然ダガ-也想去，希望可以说服母亲，但被主角拒绝。在宴会上ダガ-用催眠药使将大家荤睡，ダガ-决定自己的事情自己解决，于是和スタイナ-一起出发....
众人醒来后发现スタイナ-和ダガ-不见，主角认为她们一定自做主张去冒险了，于是立即出发。于是一行人向ブルメシア出发，先来到“ギザマル-クの洞窟”。(不过在此之前可以先去一下“チョクボの森”，收集陆行鸟的情报。去“ク族の沼”收集ク族的情报。)在“ギザマル-クの洞窟”里需要用一些“铃”开启不同的门，在一大钟处主角帮助モ-グリ把它新婚的爱人救出来(需要“クポの实”，这是一种モ-グリ非常喜欢的东西，之前可以探索得到)，之后可以和两位モ-グリ对话，在要离开的时候一个モ-グリ为了感谢主角将最后的“铃”交给主角。拿着“铃”可以先SAVE一下，然后BOSS战。战斗中可以获得3种道具：エリクサ-(HP/MP全回复)，冰のつえ(一个冰杖，可以使用2级冰魔法)和三角帽子。
故事转到スタイナ-和ダガ-，他们来到南ゲ-ト边境，了解情况后，从这里的士兵处得到ゲ-トパス(通行证)，在这附近调查可以得到ダガ-用的武器。离开前，ダガ-从スタイナ-的包袱里出来，告诉スタイナ-从这里开始，说话时不要敬礼，这样会被别人认出来。在这里可以先SAVE一下，顺便接受モ-グリ的委托，两人出示了通行证坐上列车，这时スタイナ-非常自然的称呼ガ-ネット姬。ダガ-立刻告诉スタイナ-以后不要这样称呼......(和主角相处的这段日子已经淡忘了那些宫廷规矩...)故事转回主线，主角一行人通过ギザマル-クの洞窟来到ブルメシア，看着满目创痍的ブルメシア，フライヤ非常愤怒......3人在城市里可以找到不少道具(注：在从右侧上2楼后需要走过楼梯，如果跑的话会使楼梯断裂从而无法得到宝箱)，当遇到一扇门不能进入时，需要下楼，然后从左侧的门进入在2层的一张床周围调查得到道具。再次回到那扇门处，进去后フライヤ遇到了王城里的朋友，朋友劝フライヤ赶紧离开，现在王城里面非常危险......众人继续前进，在进入大堂之前先进入左右两个屋子，可以得到フライヤ专用武器，并可以在右侧屋子购买物品、SAVE、接受モ-グリ委托。最后进入大堂...BOSS战，(有百人斩称号的女将军ベアトリクス)可以从她身上偷到“ミスリルソ-ド”、“チェインプレイト”、“バルピュタ-”这3样道具一段美丽的CG后......
DISK1END
DISK2OPEN
使用魔法时按R1可以切换单体/全体故事从スタイナ-和ダガ-处开始。两人乘坐列车来到山顶，在这里可以购买一些武器及防具，并可以和接受モ-グリ的委托，之后可以SAVE。出门后原来盗贼团的人出现，スタイナ-以为他们又要诱拐ダガ-便和他们斗嘴......
整理好装备后スタイナ-和ダガ-坐上了开往“アレクサンドリア”的列车。在车上得知盗贼团的人为了要营救他们的伙伴ブランク需要得到“白金の针”，于是ダガ-决定要帮他们寻找白金の针...在列车行驶的途中受到“黑のワルツ3号”的袭击，战斗中可以从“黑のワルツ3号”身上偷到3种道具：“とんがり帽子”、“雷のつえ”、“炎のつえ”击退“黑のワルツ3号”继续行驶，到达“アレクサンドリア站”后3人下车开始了寻找白金の针之旅...走右边的岔路，通过关卡后来到，在这里要收集一下白金の针的情报，发生A.T.E。
在“トレノ”先好好转转，这座城里也很流行卡片游戏，可以先玩玩。另外在这里可以把之前收集的“星宫的道具”在城里交给他们的主人可以换到不同的奖品或金钱。另外在这里的合成屋也很不错，要好好利用。最后就是拍卖屋，在这里只要有钱可以通过拍卖买到各式各样的。另，在“トレノ”的武器店选择第2项挑战怪兽。(不过以目前的实力很难赢)和城里的人交谈完，获得不少情报，出城向东走，到达“クワン洞”在洞里除了找到“星宫的道具”(回トレノ交给他的主人，如果得到4个“星宫的道具”的话，可换到武器：ブラッドソ-ド，特效是把给予敌人的打击换算成自己可以回复的HP非常有用，但注意不要攻击不死系敌人!)，还得到一些关于ビビ以前的生活的情报。(在这里仔细调查一下，可以得到一些情报和道具)再次返回“トレノ”，盗贼团的人说先去一下酒馆。这时再去挑战那个武器屋的怪兽，由于装备了ブラッドソ-ド这回很容易将它击败，胜利后得到一张非常厉害的卡片：ドンベリのガ-ド。来到酒馆，和盗贼团的人对话，他们打算马上起程去寻找“白金の针”在这里选择“准备OK”。出发前スタイナ-一再阻拦，说这可能是盗贼团的陷阱，但ダガ-不以为然坚持要去...
画面转到迷之男クジャ,在拍卖官和管理员对话...他对ダガ-到底有什么阴谋呢......?众人作船来到城里合成屋的后门，打算进入寻找“白金の针”，原来这里的老板就是以前ダガ-的家庭教师，他说这里目前没有“白金の针”，需要去城西侧的高塔。于是一行人返回...。休息一下，然后去城西册的高塔(坐船情节发生之前锁着进不去)，进入后发现ダガ-的家庭教师也在，并把“白金の针”准备好，和家庭教师对话后ダガ-回忆起8年前的事......
ダガ-决定返回自己的故乡アレクサンドリア城，盗贼团的人也想和ダガ-一起返回用“白金の针”救他们的同伴ブランク于是众人通过高塔的底下的秘密通道前往アレクサンドリア城(在此之前可以返回“トレノ”城发生A.T.E)，在地下通道先走左侧的岔路打开宝箱并推一下把手打开机关，再走右边的岔道。这里往下走会看到一个机关，但现在没有任何反映，于是向上方走开动机关，看到一只巨大的虫子从天花板爬过，虫子下方有类似坐舱的东西...再向回走打开下放的机关，趁巨虫吃东西时座上巨虫下方的座舱。当驾巨虫行驶到到一半时遇到一条巨蟒似的怪物，众人下虫...接下来BOSS战，战斗中可以从巨蟒身上偷到：“ボ-ンリスト”、“ミスリルフォ-ク”
击败巨蟒后，来到アレクサンドリア城，但陷入了アレクサンドリア城用来对付敌人入侵用的机关，埋伏在这里的ゾ-ン和ソ-ン将3人抓回アレクサンドリア城...
画面转到主角一行人，被女将军打倒后。众人过了许久恢复了知觉，众人决定去“クレイラ”(需要经过ブルメシア西侧的沙漠)。这时主角焦急的想：ダガ-你到底去了哪里......
来到“クレイラ”后发现这里是一棵巨大的树，从右边打开机关进入大树内部。(进入后仔细调查一下，可得到许多道具)走上斜坡，进入房间后调查一下下方的机关，选第2项使流沙流动，从斜坡下来顺藤条向上爬进入树洞。进入左侧树洞后可以SAVE。继续向上走，经过木桥来到一处有许多树洞的地方(仔细调查，可以得到一些防具)，先走正中央的路打开机关，之后走左边的岔道，经过旋涡，一直向上走，终于来到大树顶部的村落，在这里等候フライヤ多时的使者把フライヤ领近寓所，主角也决定先休息一下，于是在村落里先转转，发生一些A.T.E。最后来到顶部的寓所，但是寓所的工作人员让主角先在宿屋等一下，于是主角返回宿屋。在这时卫兵大喊有一个小孩发生了危险，被怪兽袭击，于是主角跟随卫兵前往。(在去之前去SAVE一下，但是在宿屋里没有发现ビビ究竟去那里了呢?)到达出事现场后，发现果然有小孩被怪兽袭击，ビビ因为害怕躲在一旁发抖，这时フライヤ也赶到，原来被袭击的小孩就是ブルメシア的パック王子(也是ビビ认识的第一个朋友)，怪兽看敌人人多势众，放下パック王子与主角们战斗。进行BOSS战，可以从怪兽身上偷到：“迷惑チン”、“ミスリルベスト”、“ゴ-ルドヘルム”。(因为敌人有一招让全员HP剩10以下，所以先让ビビ对它使用催眠魔法和降速度的魔法，然后再偷，否则很容易GAME OVER。)回到寓所，フライヤ表示要留下保卫“クレイラ”...之后フライヤ表演了他们传统的舞蹈，配合着优美的音乐，跳的非常精彩。就在这时，巫女弹的竖琴突然琴弦断了...不吉利的征兆......突然“クレイラ”周围刮起一场非常大的风暴。
这时画面切换到ダガ-这边，ゾ-ン和ソ-ン将ダガ-带到她母亲ブラネ旁。当ダガ-问母亲为什么要进攻ブルメシア时，得到的答案竟是，“如果不进攻的话，难道我们等着被消灭吗?”在这里有两个选项：第一个是相信母亲的话、第二个是不相信母亲的话。(建议选择第二项。)这时クジャ出现，出言轻薄ダガ-并用魔法把她催眠......这时ブラネ下令让ゾ-ン和ソ-ン把ダガ-身上具有的召唤兽取下。
画面又切换回主角这边，フライヤ告诉主角说每500年这里的风沙就会飞走一次，难道说アレクサンドリア国真到趁机要攻打这里吗?フライヤ显的非常不安......主角和フライヤ交谈完后说先去找ビビ然后在门口等フライヤ。这时操纵フライヤ先去寓所，从大祭祀手中得到“エメラルド”。在村落里和其他村民交谈一下，然后和主角会合出村。(在回去的路上可以把之前没有得到的宝箱清理一下。)在回去的路上受到少数敌人女兵的袭击フライヤ感到很可疑，这时有选项，选第一项，主角也认为很可疑，果然パック王子赶来，说“大事不好，敌人进攻“クレイラ”赶快回去救援”。于是主角飞奔回村落，果然敌人的黑魔导师军团大举进攻，主角保护村民避难，就在危机时刻フライヤ的恋人フラットレイ出现帮大家解了围。在寓所里フライヤ和フラットレイ好象交谈的并不开心，フラットレイ走后フライヤ悲伤的哭了起来。这时，曾击败过他们的女将军ベアトリクス再次出现抢走了宝石。出门后先和周围的人对话，可以得到许多道具和卡片，另外在左侧墙后面有隐藏道具，之后SAVE一下。出屋后主角大喊：“站住，不要逃跑”ベアトリクス轻蔑的说：“逃跑?这个词好象不适合我，上次没有杀死你们算你们走运，那么想死的话就成全你们......”跟着BOSS战，。战斗中可以从ベアトリクス身上偷到：“雷神のこて”、“フェニックスの尾”和武器“アイスブランド”。为了不让主人公们拖延时间，战斗后不久ベアトリクス便会撤退，和黑魔导师用空间转移魔法一起消失......。之后为了追击ベアトリクス，主角3人也分别和其他黑魔导师进入空间转移魔法。
就在这时，ブラネ下令使用召唤兽“奥丁”攻击“クレイラ”，受到“奥丁”强大攻击力攻击的“クレイラ”陷入一片火海中......主角们用空间转移魔法来到ベアトリクス所在的飞空艇上，然后从ベアトリクス和士兵的对话中得知女王ブラネ也在这艘飞空艇上。ベアトリクス走后，主角偷偷跟随ベアトリクス来到船舱门后偷听了她和ブラネ的对话。
由于ダガ-身上的召唤兽被取出，对ブラネ来说已经没有什么利用价值，打算回アレクサンドリア后以盗取宝珠的罪名把ダガ-处刑......偷听到这番话的主角打算尽快营救ダガ-，在这里先SAVE。之后，主角们从罐子里用转移魔法向アレクサンドリア发进。
画面切换到スタイナ-他们这里，スタイナ-认为被囚禁在笼子里不是方法，于是和盗贼团的人商量逃走。在这里，需要按左和右，运用力学的原理脱出。从笼子里出来后2人立刻脱出，半路上遇到了利用转移魔法回来的主角，于是4人一起去营救ダガ-并脱出アレクサンドリア(限时30分钟内)，最后在3楼发现密道，进入后在最底部发现ダガ-，接下来，BOSS战。胜利后发生A.T.E。接着要脱离这里，SAVE一下，然后一口气跑出地下室。刚要休息，ベアトリクス追来，之后进行BOSS战，战斗中可以偷到“フェニックスの尾”、武器“アイスブランド”。主角们最终不敌ベアトリクス败下阵来，幸运的是主角说服了ベアトリクス觉悟后的ベアトリクス用魔法ダガ-苏醒过来，ダガ-苏醒刚醒过来，女王ブラネ出现并命令ゾ-ン和ソ-ン抓住ダガ-。ベアトリクス让大家赶紧逃离，这里交给她和フライヤ解决，ベアトリクス的强大，大家有目共睹，于是主角们放心的脱离了现场，在到达底部时，スタイナ-担心ベアトリクス她们于是语重心长的把ダガ-托付给主角让他带着ダガ-去见她以前的家庭教师トット先生。说完话毅然回去援助ベアトリクス......
主角回到最下部SAVE一下。正当主角要脱出时中了ゾ-ン和ソ-ン的陷阱，正在这时，盗贼团的伙伴和ブランク从背后打荤了ゾ-ン和ソ-ン。主角们再次乘坐巨虫向“トレノ”出发，在中途又遇上了一条巨蟒，不过这次的更厉害些。接下来BOSS战。从巨蟒身上可以偷到：“フェニックスの尾”、“オ-クスタッフ”、“アダマンベスト”击败巨蟒后，继续前进，没想到巨蟒又追上来......与此同时，女王ブラネ找了2为佣兵去捉拿ダガ-......
过了许久ダガ-终于醒来，主角立刻前来询问ダガ-有无大碍。这时，突然出现一位老人漂浮在半空，原来这位老人叫ラムウ是召唤兽之一，他告诉ダガ-召唤兽是根据召唤者的意旨出现的强大力量，但目前ダガ-的召唤兽被ブラネ夺取。可是ダガ-怎么也不相信自己的母亲会这么做...之后ダガ-想让ラムウ帮助她，但ラムウ决定要考验一下ダガ-，内容是让主角们寻找5份故事的碎片(找到每一块碎片可以看到一段故事)...找齐全部故事后按照“發端、謝利、沉默、人間、英雄”的顺序排列故事。后获得召唤兽ラムウ的道具ベリドット。
主角们为了寻找飞空艇再次来到リンドブルム城，正赶上ブラネ率领飞空艇部队“红玫瑰”进攻リンドブルム，美丽城市几乎变成了废墟......在废墟里仔细探索可以得到罕见的卡片和一些道具。在城市里遇到了文臣オルベルタ，交谈后得知シド大公现在很安全，并给主角们带路。见到シド大公安然无恙后ダガ-松了口气，在交谈中得知因为シド被变成ブリ虫所以无法使用召唤兽保护大家...而且这场战争的幕后指示者可能是一个名叫クジャ的武器商人，他提供强大的魔力制造了“黑魔导师军团”，想以此力量征服整个大陆。(クジャ就是出言轻薄过ダガ-的家伙)。クジャ可能是北方未开发大陆的人，在那里是使用魔法的国度，要到达那里需要飞空艇...ダガ-决定要去找クジャ算帐，由于以前的飞空艇坏掉了，需要寻找新的才可以，虽然シド大公开发了新行飞空艇(天龙の爪)，但被敌人控制着无法使用，只好想别的方法。シド告诉大家通过北部的“ク族の沼”的采掘场可以到达未开发大陆。于是众人开始准备，并得到3000元。出门整备时发生A.T.E。在这里一定要去合成屋合成更加厉害的武器，然后找等待主角的男人选择准备OK，发生A.T.E。出发前シド大公把“国宝”世界地图交给主角。后发生A.T.E向北走来到“ク族の沼”，在有许多青蛙的地方探索可以得到一只青蛙，将青蛙交给那个ク族人。原来他叫クイナ，是这里的住民。由于ク族几乎都是美食家，所以クイナ想和主角们到世界各地寻找美食。主角答应了后，クイナ加入队伍。一行人继续前进，经过小屋右方的草丛来到采掘场。刚进入采掘场，就被一辆巨大的战车追，众人赶紧逃跑，刚逃出战车的追击，又遇上了ブラネ派来追捕ダガ-的佣兵。接下来BOSS战。从她身上可以偷到：“エ-テル”、“さんごの剑”、“グラデイウス”。胜利后继续前进，并利用野生巨虫来到采掘室，在这里可以SAVE。然后利用野生巨虫打开机关，(在采掘场里一定要仔细调查，可以得到非常珍贵的道具，比如具有攻击并且偷盗特技的防具等)最后，使用锄头敲开右侧的石头，出来一只MOG，在这里可以SAVE。(另外在墙上多敲几下还可以得到一些道具。)爬上藤条打开最后的机关，之后乘坐巨虫走出了采掘场。
来到新大路后，立刻感觉豁然开朗!充满神秘的新冒险等待着主角们......(第二章前半完)
DISK2后半：
***青魔法的获得：当敌人的HP剩一点时，使用クイナ的特技，成功后变学会该怪兽的青魔法。***(接DISK2前半)
经过沙地，众人来到“コンデヤ·パタ”，进入后发生几段A.T.E。找到ビビ后再次发生A.T.E。回到市场时ビビ发现有一个黑魔导师在买东西，于是追过去。黑魔导师见状后逃跑...当地住民告诉主角那个黑魔导师不是ブラネ的军队，他是当地クロマ族的居民，居住在南东方向的森林里，有时来这里换取日用品。
于是众人向东南的森林出发，中途路过“ク族の沼”可以让クイナ再去抓青蛙，当捉到青蛙的数量达到一定数量后，可获得到一些道具(注：之前クイナ加入的那个沼泽也可以抓青蛙)。来到东南的森林后，经过无限迷宫(根据我的经验：只要所有的鸟从树上飞走就表示可以通过了)找到那个黑魔导师。跟着他进入“黑魔导士の村”。发生好几段A.T.E。在村里仔细探索一下可得到许多道具。主角先后在村里找到了ダガ-、クイナ等人，最后回到宿屋休息。晚上，ビビ好象有心事独自一个人出去散步，ダガ-担心ビビ出事，于是让主角出去看看，但主角认为ビビ可以自己照自己。晚上，主角回忆起自己小时侯的事...
第2天早晨得到有关大陆西北侧银色之龙的消息，于是大家决定去看看究竟,不过去那里需要经过“圣地”于是众人向“コンデヤ·パタ”出发(在出发前先去合成屋合成一些厉害的武器和防具。另外，从合成屋的梯子向上爬来到屋顶，下走可以偷听到两个黑魔导师的谈话，于是下楼梯来到道具屋，与黑魔导师163号对话，这时会多出一个选项选择后趁黑魔导师找东西立刻爬上梯子调查后可得到珍贵防具“黑带”这个防具有HP20%UP的特技和重力黑魔法，在现在非常有用，应尽快修炼。(另外在这村里可以找到一个“星宫的道具”以后可以在“トレノ”进行交换)来到“コンデヤ·パタ”对话后得知如果要去圣地，需要先接受神主的洗礼，并举办一个仪式。在村里找到神主后，神主告诉主角仪式内容是让单身男女结为夫妇以巡礼的名意进行圣地旅行。这时主角以开玩笑的口气问ダガ-“你都听到了，有兴趣和我一起参加仪式吗?”令人主角感到震惊的是ダガ-竟然爽快的答应了!......真是$#%$#&^%**@(后面省略1000字^^)神主还补充到，到目前为止已经有99对新人参加了巡礼，加上你们正好100对，说完后神主慢慢走开。这时，僵硬在那里的主角不知道该说什么好......(脑子里幻想着两人接受神主洗礼后结为夫妇的情景...)之后，仪式正式开始。神主嘴里呜哩哇啦的念着不知是什么东西，反正主角现在没心情听。仪式完毕后主角想吻ダガ-，ダガ-连理也没理转身就走了，主角这时：“......;”
不管怎么说。主角得到了去“圣地”的资格，至于ビビ和クイナ...这里有两个选项，选第二项(不如你们也举办仪式吧，这样就可以和我们一起去了，两人面对面......流汗...)后发生A.T.E。当主角两人前往“圣地”时，一位头上长角的少女和一只MOG冲过护卫闯入圣地，于是主角也跟着进入。卫兵告诉主角说她们又来这里偷食物，下次一定抓住她们。这时ビビ他们也赶到，于是四人一起向“圣地”出发......
走到半路看到刚才闯入“圣地”的那个小女孩被困在悬崖边上。当她看到クイナ时十分害怕，以为要吃她，连忙说：“别吃我，我不好吃......”主角也告诉クイナ她不好吃，于是クイナ放弃了这个念头。将小女孩救下后得知她叫エ-コ。这时クイナ不见了，大家猜想可能是去追那只MOG并把它当成点心...想到这里大家决定去追クイナ。在途中玩家仔细调查，可以得到2块不同颜色石板，当来到有MOG在的地区可以先SAVE一下，然后走右下方的岔道，把刚才得到的两块石板装到石壁上，不过目前没有发生任何事件，于是回到SAVE点走左的的岔道，走到一半时遇到一个巨人怪，接下来BOSS战。(战斗中使用漂浮魔法可以躲过BOSS的地属性魔法)。可以从敌人身上偷到“フェニックスの尾”、“ミスリルフォ-ク”、“妖精のファイフ(エ-コ装备的武器)”战胜BOSS后在附近调查得到第3块石板。继续向右走可以得到第4块石板。回到刚才放置石板的的地方，把全部石板放上去得到道具“ム-ンスト-ン”。之后回到刚才打BOSS的地方，在这里走上方或右方都可以到地图画面。
先走右边来到エ-コ的住处“マダイン·サリ”。刚进“マダイン·サリ”，突然出现了许多MOG来迎接エ-コ，原来他们是エ-コ的朋友，エ-コ和主角交谈时表示对主角很感兴趣，而且一连串问了许多问题，比如：你是那里人?，多大了?要去哪?喜欢吃什么?喜欢召唤兽吗?......(此处省略1000字...)这时主角打岔问ダガ-怎么了，ダガ-说没什么，主角开玩笑的对ダガ-说是不是嫉妒了?ダガ-故意用无所谓的语气说：“我，怎么会......”エ-コ好奇的问ダガ-“你和主角真只是普通朋友吗?”。当众人交谈时，发现ビビ不见了，估计是自己参观村落去了，这时エ-コ表示要让大家尝尝她做饭的手艺。之后发生几段A.T.E。当主角去找エ-コ时，门口的MOG说饭还没做好，让主角去其他地方先转转，于是主角在这里仔细转了一下，找到许多道具，其中在喷水池附近有一个“星宫的道具”以后可以在“トレノ”交换道具。
在和MOG的交谈中得知这里有一个召唤壁，上面记载了许多召唤兽。于是主角去找ダガ-一起来参观，在这里ダガ-里看到了许多以前没见过的召唤兽，很好奇......主角出门后发生A.T.E。之后主角去找エ-コ饱餐一顿，在与エ-コ的交谈中得到一些有关召唤兽的情报。晚上エ-コ想了很多......第2天早上エ-コ决定和主角一起冒险，并蹦蹦跳跳的先行出发，MOG对主角说エ-コ就拜托你了，主角表示一切包在自己身上。エ-コ正式加入队伍。
エ-コ加入后可以修得许多召唤魔法，应尽快培养。众人回到“コンデヤ·パタ山道”，这次走上方的岔路，出去后一直西行来到“イ-ファの樹”。进入后发现这里有一个无形的结界，于是问エ-コ怎么回事，エ-コ解释说这是召唤士一族布置的强力结界普通人无法进入，说着开始念咒语，结界解开后得到道具“ル-ビ”，装备后可以修得新的召唤兽，接着众人进入“イ-ファの樹”内部。在这里有会石化魔法的敌人，最好装上防止石化的特技，一直向上走到达MOG处SAVE一下。走道顶端时看到一个奇怪的机关，主角用手碰了一下，那个机关突然启动，看样子像个升降平台，于是主角试着站在上面，果然升降平台启动，众人乘坐平台来到“イ-ファの樹”的下部。一路向下走中途可以得到不少道具，最后大家乘坐魔法圆盘向最下层发进，途中エ-コ的MOG感觉下面好象有生物反映......这时受到怪物的袭击，胜利后ビビ心里想这里的雾和以前看到的黑魔导师生产机器那里的雾为什么会一样...而且飞空艇所需要的能源为什么也是这种雾......
到达最深处后，先四处调查一下，可以得到HP/MP全回复的道具和一个藏在墙后面的防具，一定要拿到。之后和エ-コ对话，并调查左侧，之后进行BOSS战，可以从BOSS身上偷到“ブリガンダイン”、“魔術師の服”、“オ-クスタッフ”战斗胜利后当地的“雾”全部散去，大地变的格外美丽......
众人返回“マダイン·サリ”，エ-コ在门口大喊我回来了，但没有MOG出来，于是エ-コ又大喊了一声，这时成群结队的MOG慌张的跑出来告诉エ-コ他们的宝物道被盗了，于是主角决定帮助エ-コ把宝石抢回来!エ-コ非常着急的先跑出去，主角刚准备出发，ビビ跑来说エ-コ被那个盗贼抓住当了人质，于是主角急忙向召唤壁方向赶去。原来这个盗贼就是之前要抓ダガ-的那个女佣兵ラニ，当ラニ那エ-コ作为人质威胁主角时，一位红发武术家给大家解了围，不过他并不是要援助主角，原来他和ラニ都是女王ブラネ派来抓ダガ-回去的佣兵，只不过他认为ラニ劫持人质实在是不光彩的行为，他要当当正正的完成任务......接下来BOSS战，战斗中可以从BOSS身上偷到“エ-テル”、“ポイスンナックル”打败红发武术家后要回被盗的宝石，之后主角放了那个武术家......
众人返回エ-コ的房间安慰她，得到重要道具。这时主角发现ダガ-一个人出去于是去找ダガ-，出门后听见ダガ-的歌声，于是下去找ダガ-，来到ダガ-面前主角认为ダガ-具备了盗贼的素质，不如两人组成一个盗贼团...，两个人在这里聊了很久，突然ダガ-好象回忆起什么，一下子晕了过去，醒来后告诉大家其实她不是女王ブラネ的亲生女儿，10年前她6岁时候从这里做船离开，以后的事她就不记得了，但对自己身为召唤士一族，头上却没有角这一点自己也不清楚。
第二天早上一行人正准备向“イ-ファの樹”出发时，那个红发的武术家サラマンダ-再次出现,交谈后加入队伍。众人再次来到“イ-ファの樹”，这次遇上了上次传闻的那条银龙和クジャ，在选择好参加战斗的人员并整理好装备后发生战斗。胜利后クジャ坐着银龙离开，这时ダガ-问エ-コ在这里封印的召唤兽在哪里，她要用召唤兽的力量去救ブラネ，在封印海蛇召唤兽的地方得到道具“アクマアリン”。这时ブラネ用最强的召唤兽“巴哈姆特”的力量把クジャ打伤，受伤后的クジャ轻易就把“巴哈姆特”打暴走，暴走后的“巴哈姆特”疯狂的攻击身边所有可攻击的目标，ブラネ也被卷入了猛烈的爆炸中......
在岸边奄奄一息的ブラネ和ダガ-说完了最后一句话，安静的死去......几天后，ダガ-、スタイナ-和ベアトリクス带着花圈去祭奠ブラネ......
DISK3OPEN
在ダガ-还有3天就成为アレクサンドリア新女王的时候，ビビ在酒馆里找到了主角，但主角好象没有精神，双手伏在桌上不想理任何人。从酒店老板口中得知主角的朋友往“小剧场”方向去了，ビビ只好自己前往。在这里发生几段A.T.E。
画面切到ダガ-这里，ダガ-对スタイナ-说想见主角，但スタイナ-认为ダガ-和主角是生活在两个完全不同世界的人......这时トット先生进来交给ダガ-她以前失去的召唤兽。在トット先生下楼时看到头上张角的エ-コ，感觉似曾相识...最后トット先生终于想起来在ダガ-小时候她父亲曾经吩咐自己把ダガ-头上的角去掉，但今天这个头上长角的小女孩又是谁呢......?这时ベアトリクス给ダガ-更完衣，穿上礼服的ダガ-显得比平时漂亮许多。由于受到ダガ-的委托，エ-コ送一封信给主角，但走到半路被盗贼团团长不小心撞飞并被挂在楼梯上，信落了下来，于是エ-コ委托盗贼团长把信交给主角，盗贼团长答应后，向酒馆方向走去。半路上遇到スタイナ-...两人斗完嘴后，盗贼团长不小心把信掉在地上，但并没有发觉......这时ベアトリクス听到刚才スタイナ-和人大声吵架所以来看个究竟，等她赶到时スタイナ-已经离开，ベアトリクス无意中看到掉在地上的信，心想这是スタイナ-掉落的东西吗?打开信后，里面写到：今晚我在船场等你来...。看完信后ベアトリクス心理想：这...难道是スタイナ-写给我的情书......?
盗贼团的一行人回到酒馆后，叫主角去参加ダガ-的加冕仪式，(盗贼团长把送信这件事忘了个干净)正在这里闷闷不乐的主角没有心情去，这时ビビ进来邀请主角一起去给ダガ-加油......主角只好和ビビ一起前往。之后发生A.T.E。先在这里四处逛逛，合成一些新武器，玩玩卡片什么的，当主角来到城市上方的港口时看到サラマンダ-和フライヤ正要大打出手，于是马上出手制止。众人寒暄了几句，ビビ说现在ダガ-可能很想见你，于是众人坐船去探望ダガ-，刚到门口看到スタイナ-把エ-コ拎出城堡，エ-コ看到主角后委屈的向主角诉苦...于是斗嘴再次开始...之后众人来到城堡里等候ダガ-的接见。看到穿礼服的ダガ-后众人都称赞她很漂亮，但主角什么也没说只是默默的看着ダガ-。ダガ-见到主角后不知道该说什么，沉默了许久吩咐スタイナ-：“我们走吧”。这时エ-コ叫住ダガ-说为什么不下来和大家说话，ダガ-说：“为了这个世界的和平，他有更重要的事要作，和大家一起冒险的事我一生也不会忘记的”。之后头也不回的走了。这时ビビ问主角为什么不和ダガ-说话?主角说：“我，我不知道该说什么......难道要我说，加油!ダガ-吗?我说不出口”。
エ-コ来到港口心想：难道主角心里没有ダガ-吗，可是那封信写的真不错，为什么他没有反应呢?他真是个傻瓜傻瓜傻瓜傻瓜傻瓜......。这时盗贼团的人来到这里，エ-コ赶急忙起来。盗贼团的人边走边聊什么情书的事，刚谈到一半スタイナ-来到这里巡视，于是他们也藏起来，但那封情书掉在了地上......スタイナ-无意中看到地上的信，捡起来看了一下，内容和ベアトリクス看到的一样，于是立刻紧张起来，这封没有署名的信是谁掉的呢?难道说事先知道我要来这里而故意留下的?スタイナ-心里立刻感到热血沸腾......这时ベアトリクス走过来，看到スタイナ-拿着信正在看，于是好奇的走过去...スタイナ-看到ベアトリクス后害羞的说：“难道是你?”这时ベアトリクス也会意的走过去，两人......藏在后面看热闹的3个人感到很有意思，于是更加聚精会神的欣赏。接着，两人越走越近......刚要......这时盗贼团长来这里找自己掉的那封信，スタイナ-和ベアトリクス立刻装成什么也没发生的样子......エ-コ赶紧趁机离开。回到酒馆后，トット先生来探望エ-コ，希望エ-コ能到自己的故乡“トレノ”做客，这时主角回来和众人说“トレノ”正在举办卡片游戏大会，大家一起去看看热闹吧。这时トット先生表示自己可以给大家带路，于是众人决定前往“トレノ”。之后发生A.T.E。
一行人乘坐巨虫来到“トレノ”后，得知今天是比赛报名的最后一天。于是主角前往报名处报名...之后发生几段A.T.E。在这里，可以先随便逛逛，把之前得到的“星宫的道具”拿去交换道具，或去拍卖馆买些道具(可以在这里用高价买到召唤“奥丁”的道具)。最后主角来到报名处，并参加比赛，当连胜两场后最好去SAVE一下，之后发生几段A.T.E。最后进行决赛，胜利后得到道具“轉生の指輪”，(这个道具非常珍贵，可以修得复生特技，应尽快修炼!)之后见到シド大公，得知新型飞空艇已经可以试飞......话还没说完エ-コ急忙跑过来说大事不好，“アレクサンドリア”被怪兽袭击了。
画面转到アレクサンドリア城，クジャ操纵召唤兽巴哈姆特袭击了这里，整个城市陷入一片火海中......这时ベアトリクス找到ダガ-，ダガ-让她集合部队准备迎击。当分配完作战人员后，自己却晕到在地上。スタイナ-和ベアトリクス两人并肩作战击退了许多怪物，让市民们顺利的逃离。当ダガ-醒来后听到有歌声，于是一口气跑到楼上，这时出现了一个奇怪的城堡，ダガ-向城堡跑去......这时在飞空艇上的エ-コ和ダガ-发生了共鸣，接着，エ-コ从飞空艇跳了下去，两人合力成功的召唤了传说中的召唤兽：亚利山大，亚利山大拥有一双巨大的白色翅膀，在用翅膀防御了巴哈姆特的进攻后，漂亮的退败龙王巴哈姆特。看到此状况后クジャ故技重施召唤了空中的战舰，想收服传说中的召唤兽圣亚利山大，从交谈中得知クジャ和主角好象有某种渊源......
当主角赶到“アレクサンドリア”时发现ダガ-不在城里，于是主角去急忙去寻找ダガ-和エ-コ的下落，在这里可以先SAVE一下，然后去图书馆再次挑战那本魔书，并可从它身上偷到“エ-テル”、“エリクサ-”、“银のフォ-ク”、“デモンズメイル”。之后主角顺着ダガ-刚才走过的路来到城堡顶部。这时クジャ召唤的空中战舰发出巨大的光束将亚利山大粉碎......还好主角及时赶到救下了ダガ-和エ-コ，在他们乘着绳索逃脱时ダガ-紧紧的抱住主角，在绳索上面的エ-コ表情很奇怪...
在正在重建的リンドブルム城里，シド大公亲自指挥大家工作，整个重建工程进行的非常顺利......主角醒来后发现自己躺在リンドブルム城的宿屋里，但ダガ-和エ-コ不知去了哪里。打开附近的宝箱可以到一些防具，当主角看见盗贼团的ブランク时，第一件事就问ダガ-在哪里(这里也可以选第二项，“我怎么会在这里”)，当得知ダガ-在了望塔时，头也不回的奔向了望塔。在了望搭主角突然不知道该说什么，只是安慰了ダガ-一下。接着去会见シド大公，在会客室众人看到主角平安无事都松了口气。见到シド大公后，エ-コ问主角怎么没看到ダガ-?主角告诉她ダガ-在了望塔，于是エ-コ急忙赶去。后发生A.T.E。
众人在谈论最近被袭击的城市的时，认为一定和クジャ有关系，之后发生A.T.E。エ-コ回到会议室后，会议暂时结束，接着主角去宿屋找ダガ-。众人在宿屋找到ダガ-，安慰她别再为最近发生的事伤心了。如果要找クジャ，需要有飞空艇的帮助，所以需要シド大公的帮助，但シド大公现在被变成ブリ虫的样子无法帮助大家，如果要变回原形需要找3种药材调配成药品，于是主角出发寻找这3种药材。在城里仔细调查可以得到很多珍贵的道具，比如“星宫的道具等”(宝箱位置和リンドブルム被摧毁前一样。)一定要拿到。在城里可以打听到有关药材的情报。在剧场街从盗贼团的“シナ”手中获得第1种药材;接着在商业区从“アリス”手中得到第2种药材;最后经过多人提供的线索返回剧场街在车站右下方的小屋里仔细探索后得到第3种药材。之后回到王城，但这3种药材调配成的药品不但并没有把シド大公变回原形，反而让シド大公变成青蛙的样子(有种不详的预感......)。
第二天召开作战会议时决定用从“アレクサンドリア”脱出时的那艘船先去找クジャ的线索，于是ビビ建议大家先去“黑魔导士の村”，众人整备完后乘电梯来到最下层，向水龙の门方向出发，之后众人来到船上。这时发现クイナ也在船上，之后シド大公也赶到与大家同行，クイナ眼也不眨的看着シド大公......
到达“黑魔导士の村”后发现村里没人，于是ビビ离开队伍去调查情况，当来到村子深处时，看到ビビ和黑魔导师228号在一起。原来村里其他的魔导师全被クジャ带走了，只留下他和路行鸟，于是ビビ来到之前放路行鸟卵的屋子门口，这时主角也赶到，原来那个路行鸟卵已经孵化出小路行鸟了。在ビビ与黑魔导师228号的对话中得知在这块大陆的东侧藏有一个クジャ的住所。
坐船来到东部大陆后,一直向北走，当走到有四个沙漠旋涡的地方，每个都调查一遍，这样就可以进入クジャ的住所。没想到这是クジャ设置的陷阱，他早就知道主角会来......主角醒来后发现自己和シド大公被关在一个陌生的房间里，主角问其他人的下落时シド大公告诉主角其他人应该很安全。这时传来クジャ的声音：“我们又见面了...”主角说：“你这混蛋!把其他人关在哪里了?”クジャ告诉主角他的同伴被关在和他同样的房间......并且还拿他们的性命威胁主角和自己合作。为了保护同伴，主角只好暂时答应了クジャ的要求，于是主角和シド大公被放了出来，出来后主角看到周围有许多类似的房间，可以肯定ダガ-她们也被关在里面。主角让シド大公留在监狱门口，自己一个人来到クジャ面前。クジャ拿众人的性命要挟主角去一个地方。那个地方名叫“ウイユヴェ-ル”，并让主角去那里带一块叫“グルグスト-ン”的魔石回来，并且允许主角带3个帮手一起去(在这里最好选择3个攻击力较高的角色)。为同伴的性命着想，只好答应，之后主角4人被传送到飞空艇附近，主角发现这艘飞空艇就是シド大公开发的新型飞空艇试作1号机，接着4人乘坐飞空艇向“ウイユヴェ-ル”飞去。
下飞空艇后一直向南走，可以到达目的地“グルグスト-ン”，进村后可以先向MOG购买武器，并SAVE一下。之后进入“グルグスト-ン”内部，在这里先走上方，打开一个白色机，需要注意的是，之后我方所有魔法将无法使用。接着返回大厅往左走看到一个奇怪的机关，主角走近后机关打开，上面记载了一些文字，好象只有主角可以看懂上面的文字。之后从这里向下走，这里有4个机关需要按照一定顺序才能打开：先打开二楼左侧的机关，然后打开右侧的机关，再打开楼下右侧的机关，最后打开左侧的机关。回到刚才出现文字的房间，在这里正上放的门目前无法进入，于是走右上方的门，进入后一直往前走来到一个奇怪机器面前，通过它了解到一些クジャ他们种族的一些情报，这个种族以前有着高度的文明，但发展到顶端逐渐走向了衰败......而攻击亚历山大的那艘巨大战舰就是这个种族制造的“インビンシブル”飞船的改良型。最后再次回到出现文字的房间走正上方的门。进入后，在这里得到有关这个种族更多的情报：他们的文明发展到最顶峰时，接着的就是衰败，这是世间万物发展的真理，他们也想过许多方法，但没有成功，最后决定让自己暂时沉睡，等待这个世界重新恢复文明......ダガ-对主角能看懂那些奇怪的文字感到很奇怪，但主角也不知道为什么。回到大厅向右走，乘坐圆盘来到最下部，在这里看到クジャ提到的那块魔石“グルグスト-ン”，接下来BOSS战，可从BOSS身上偷到“エリクサ-”、“力だすき”、“ホ-リ-ランス(フライヤ专用武器，一定要偷到。)”，胜利后得到クジャ要的魔石“グルグスト-ン”。
画面转到关押主角同伴的牢房里，クジャ说：“如果在沙钟漏完之前，主角没有回来你们就死定了，哈哈哈哈......”接下来シド大公去偷钥匙，这里有一个迷你游戏，要点是在怪物回头前按圆圈键前进，最后得到钥，然后在选择砝码时选第四项，之后，众人从牢房里脱出。脱出后可以先去刚才シド大公偷钥匙的那个房间SAVE，然后往左走进入クジャ住所的内部，调查两边的雕像可得到一个道具(以后还有类似的机关)，之后继续前进。这个迷宫的要点就是用火打开机关，打开特定的机关后会有新的路出现。当众人来到有左右两个平台的地方时，需要按照左侧墙壁的提示：正义的影子追赶邪恶的影子，于是在右侧平台把右侧的蜡烛点亮，然后去左侧平台把右侧的蜡烛点亮，这样会出现通路，上去后会发生BOSS战，所以最好先回去SAVE一下。胜利后打开最后的机关乘传送装置脱出。
这时主角们带着クジャ要的魔石“グルグスト-ン”回来换人，从传送点回クジャ的房间后发现没人，这时传来クジャ的声音，让主角一人带着魔石来见他。就在这时，已经脱出的同伴来到这里阻止主角，但是最后赶到的エ-コ被ゾ-ン和ソ-ン抓住。クジャ在众人慌乱时夺走了“グルグスト-ン”，之后用传送魔法逃走。于是主角急忙向飞空艇方向出发，但还是晚了一步。于是众人只好坐船追赶クジャ......途中シド大公了分析为什么クジャ要抓エ-コ，很有可能是为了要得到召唤兽的力量，而且下一个目标很可能就是ダガ-......坐船到达地图西北方的“忘却的大陆”后，往西走来到“エスト·ガザ”在这里从司祭口中得知エ-コ和那些黑魔导师往“グルグ火山”方向去了。主角在这里先整备一下，之后从村子上方的路一直右行来到“グルグ火山”(题外话：这里值得一提的是，本地的BGM(背景音乐)就是FF1中“巨人山洞”的背景音乐，令作者十分感动!)，在这里可以先四处转转仔细调查可以得到一些道具和下面井口左侧的机关开动顺序的提示。
从上面的井口处顺着绳子来到下层，出现岔路。先左侧的路，到达尽头后遇上一只怪鸟，击败后回到岔路口再走右侧的路，后又遇到刚才的怪鸟，击败后再次回到岔路后处启动井口旁边的机关。根据刚才搜集到的情报，连续选3次第二项(向下摇把手)，顺着绳子来到最下部，这次又遇上了之前的那只怪鸟。将它干掉后继续前进看到ゾ-ン和ソ-ン把エ-コ放在抽取召唤兽的魔法阵中，于是主角急忙赶去营救。这时ゾ-ン和ソ-ン又一次抽取召唤兽失败......但他们不知道为什么会这样。当ゾ-ン和ソ-ン再次准备从エ-コ身上抽取召唤兽时，藏在エ-コ身上的MOG出来保护エ-コ，原来因为MOG有保护，所以ゾ-ン和ソ-ン才无法从エ-コ身上抽取召唤兽，之后与ゾ-ン和ソ-ン发生战斗，MOG化为召唤兽击败了ゾ-ン和ソ-ン，后得到召唤兽的道具“リボン(这个召唤兽很强，应尽快修炼)”。之后クジャ出现，主角质问他真正的目的到底是什么?クジャ轻蔑的说：你们没有必要知道......以你们现在的实力根本没有资格和我斗，这对双胞胎兄弟就足够了，哈哈哈....”说完后离开了这里。这时ビビ冒失的追过去想要问在黑魔导士之村的那些黑魔导士现在的下落。主角刚要制止，ゾ-ン和ソ-ン站起来并合体成一个强大的怪物，之后BOSS战。可从BOSS身上偷到：“ワクチン”、“金の髮飾”、“魔人の胸当”。胜利后ビビ回来说其他黑魔导师被クジャ带走了......这时有一位女性询问クジャ去哪里了，当得知クジャ已经逃走后十分感谢主角，这时这位女性认出了ダガ-，说以前见过面。这时シド大公赶来，认出了她就是自己失散很久的妻子ヒルダ。
众人返回リンドブルム城后，ヒルダ向シド大公讲了有关クジャ的的事，クジャ为了夺取飞空艇而诱拐了自己......之后ヒルダ把シド大公变回了人形。夫妻团聚后シド决定尽快完成新型的飞空艇3号机...
第2天早上，主角被卫兵叫醒并抱怨卫兵吵醒了自己的好梦，后得知ヒルダ在会议室要召见自己，于是前往会议室...来到会议室看到シド大公变回人形后感到十分惊讶，这时スタイナ-发现ダガ-不在，于是一个人去城里找ダガ-。之后ヒルダ向大家介绍了クジャ的事情，说自己和クジャ并不是这个世界的人，是住在名叫“ガイア”的世界，クジャ把自己出生的地方叫“テラ”......之后发生A.T.E。ヒルダ接着说：“テラ”在这个世界叫做“輝く島”，但是只是到达“輝く島”的话是去不了“テラ”的，在两个世界交接的地方被封印着，如果能打开封印，就可以到达クジャ居住的那个世界。这时主角问那个封印点在哪里?ヒルダ告诉大家在地图西北“忘却的大陆”上有一座“イプセンの古城”......之后发生A.T.E。于是众人决定前往“イプセンの古城”...这时サラマンダ-说：“以我们现在的实力，根本无法和クジャ抗衡啊”，ビビ说：“但是我们绝对不能放过クジャ那个坏蛋!”......主角说，但是我们如何到达“イプセンの古城”呢?目前没有飞空艇可以使用，只能等新型3号机完成了...在众人讨论如何去“イプセンの古城”时，スタイナ-回来焦急的对主角说在城里没有找到ダガ-，于是主角说等我一会儿，之后一人去找ダガ-......
来到アレクサンドリア城，主角遇到了盗贼团长和ベアトリクス。ベアトリクス告诉主角，如果ダガ-来到アレクサンドリア城一定会去一个地方......并交把一颗以ダガ-命名的宝石交给主角，之后主角在ブラネ的墓前找到了ダガ-，主角上气不接下气的说“ダガ-，总算找到你了!”这时ダガ-回头深情的叫着主角的名字，使主角稍微有点不知所从。ダガ-说自从ブラネ去世后，作为这个国家的女王没有进到保护国家的义务，已经没有资格再保护这个国家了。之后主角安慰了ダガ-，并把宝石交给她(得到巴哈姆特召唤兽)，使她重新振作起来......这时ダガ-拿过主角的匕首，用诡异的表情对主角说：“今天我决定了一件事呢!”这句话搞的主角有点摸不着头脑......(女孩的心思还真是难懂...)之后ダガ-来到港口，用主角的匕首把自己的长发割成两截，飘在在空中的断发轻轻的飞舞着...短发的ダガ-显得更加美丽，主角在那里痴痴的看着ダガ-......(DISK3前半完)
DISK3后半
(接DISK3前半)
众人乘上新型飞空艇向“イプセンの古城”飞去。在飞空艇上，当众人看到短发的ダガ-后非常吃惊，聊了半天ダガ-短发的事......(进入飞空艇内部有一个们需要钥匙打开，暂时无法打开)在地图左上被众山环绕的地方找到“イプセンの古城”。其实在进入前可以先在世界各地转转，比如去地图西南大陆的“ダゲレオ”，在这里可以买到强力武器，合成强力道具(有携带究级白魔法和黑魔法的道具)，得到一个“星宫的道具”。或者去リンドブルム，在拍卖场买到“盗贼的护腕”(作用是偷到更好的道具)......
进入“イプセンの古城”后，サラマンダ-表示自己先进去看看情况，这时有2个选项。一个是让他去另一个是不让。选择第一项，于是サラマンダ-先进入，之后主角们也相继进入。进入后在右侧石柱后发现“星宫的道具”。(注：在吊灯上的宝箱需要从SAVE点右上方隐藏的陷阱落下后得到，作用是让圣属性的攻击威力提升)在经过许多梯子后来到封印地点，这时サラマンダ-提前到达，说完话后离开，主角先不要拿墙上的镜子，先出门调查墙下方墙壁，之后从隐藏门处返回SAVE一下，之后再回到封印点。当众人把墙上的几个镜子拿走后发生BOSS战，可以从BOSS身上偷到“エリクサ-”、“ミスリルクロ-(サラマンダ-的武器威力一般)”、“オリハルコン(主角的武器，威力极大一定要偷到!)”。胜利后返回刚进入“イプセンの古城”的地方，走中间的门经过走廊和升降机来到一间有巨大宝剑的房间。在这里，玩家需要把里面的罐子放在左上和右上的台子上，之后(可得到一个道具，让暗属性的攻击威力提升)。
主角3人从“イプセンの古城”出来后，问其他同伴サラマンダ-去了哪里?可是他们没看到サラマンダ-从里面出来，于是主角一个人返回城里去找サラマンダ-。见到サラマンダ-后两人交谈了几句，之后一起回到外面和同伴会合。在这里总结了在“イプセンの古城”得到的情报：在古城最上部房间里的世界地图，每个地方都一块镜子相对应。第一面镜子在地图右上角表示，注解写到“我的力量是靠震动的大地守护着”、第二面镜子在地图下方偏左的位置表示：注解写到“我的力量是靠强大的风守护着”、第三面镜子在地图左上大陆表示：注解写到“我的力量是靠炎热的岩浆守护着”、最后一面镜子在地图作侧表示：注解写到“我的力量是靠大地环绕着的水底守护着”。还有那个BOSS临死前说的“一个(次)既是全部，全部既是一个(次)”。
众人返回飞空艇后，按照“イプセンの古城”里的提示开始出发解开各个封印。首先来到“イプセンの古城”南边的“水の祠”在这里解开封印的任务交给エ-コ和ダガ-;之后前往地图左上的“火の祠”在这里解开封印的任务交给サラマンダ-和フライヤ;再前往地图下方偏左的“风の祠”这里交给スタイナ-和ビビ;最后去地图右上的“地の祠”这里主角和クイナ一起行动。经过一系列的陷阱来到最深部，放置好解开封印用的镜子后，出现守护封印的怪物.......之后BOSS战，可以从BOSS身上偷到“ラバ-コンシャス(女性用防具)”、“アベンジャ-(サラマンダ-用武器，威力很大，一定要偷到)”
解除4个封印后，众人来到地图西北的冰山附近，进入“輝く島”。由于封印被解开，主角等人被送到ヒルダ提到的“テラ”。在