一般而言，在战斗中玩家是以等第一视点进行游戏。Rockman的攻击对象只会是以前方为主。如果要打后面的敌人便须要同时按方向和对话键转身进行攻击。而玩家亦可以按锁定键自动瞄准敌人，这个键攻击对空的敌人很有帮助。
特殊武器
Rockman除了可以使用左手的Buster外，他的右手亦可以装上特殊武器的。游戏中有很多不同的特殊武器，而每一个武器都有着不同的功用，有的更是对游戏的进度有很大的帮助。想得到这些武器，玩家须要拾获一些零件，再拿它们给萝儿进行改装的。
回复能源及道具
当Rockman没有能源的时候，玩家可以找达它回复能源。此外，它亦会帮玩家储存游戏进度，当玩家不知道游戏怎样再继续时亦可以找它，它会告诉你要到那里的。而游戏中亦可以购买道具的，只要找旧货店的老板娘便可以，而当能量水壶没有的时候亦可以找她回复，如果玩家有实时向她买一个时，她便会免费为你回复的。
搜索
在游戏中，玩家除了可以在宝箱中得到道具外，玩家还可以在迷宫中的墙壁上的小洞、城市中的垃圾桶、箱中得到的，从而找一些金钱、道具改装，所以千万要小心搜索。
故事内容
在这个被海水覆盖的世界上，人们只可以活在一个一个的小岛上。这些人主要靠古代的科技的量子折射镜之力来维持生活，这是一种强而有力的力量。它们多是藏在海底下的地底城之中，而一些被称为「挖掘者」的探险家常冒险进入探索……。他们常发掘新兴文明基石──折射镜，这亦是他们唯一存在的原因。但多年以来，在他们之间已经相传宝藏的传说，只要好好地利用这些源源不绝的矿藏能源，人类便不用害怕能源用尽的一天。为了寻找这些矿藏，「挖掘者」多驾驶着他们的飞行器，到一座一座岛寻找，而游戏的主角亦是其中一名「挖掘者」……。
序
故事开始的时候，Rockman已经到达其中一个岛上寻找矿藏水晶，而他亦终于找到了水晶。当他开始拿水晶的时候．洞穴中的机关亦同一时间开启了。一幕如「夺宝奇兵」的逃亡开始了，而Rockman亦最终能够逃出，而玩家亦可以开始控制Rockman。当玩家在这个洞穴中前进时，萝儿便会一直教导玩家操纵。而途中有一些里佛巴特会攻击Rockman，玩家亦可以得到「强力举重机」。这一个洞穴基本上没有甚么难度，只有一条直路。而玩家亦会见到障碍物，而玩家要破坏机关以破坏障碍物。当破坏了障碍物后，Rockman及萝儿的通讯中断了，而进入后便遇到第一只首脑。这只首脑的攻击模式比较单调，它只会用右手攻击Rockman，玩家只须要等待它攻击时走远，再用锁定键进行攻击便可以轻易取胜了。
战胜后，首脑便会停止活动，而Rockman亦就此离去，但不料它竟会再次起动，而且追着Rockman出去。正当Rockman被逼到走投无路之际，他忽然勇敢地从万里高的塔跳下海洋。谁知原来萝儿的飞行船在等待Rockman，他们亦高飞远去了…。
第一章～拯救旧货店老板
当Rockman一行人离开了那个洞穴后，一行人高兴之时，巴瑞尔（萝儿的老爷爷）突然告诉Rockman及萝儿飞行船有严重的问题，于是萝儿便急于寻找一个地方降落。巧合地，他们见到卡特罗克斯这个小岛，于是萝儿马上降落。可幸的是大颗儿没有受伤，不过飞行船便受到严重的伤害，大颗儿只好好好地修理它。而此时玩家可以达它交谈，记录进度，此外亦可以不时回复能源。Rockman于是便四处寻找，结果他找到一个城市的标志，走近时有一辆警车刚刚来到。原来他们是因为见到Rockman一行人降落，所以前来检查一下。他们要求Rockman一行人中其中一位成员跟他们去城市填写一下移民表格以取得识别证卡及登记卡，如果不是便不能入城市了。于是贝瑞尔便跟他们前往，而萝儿便叫Rockman趁机前往市场找一些东西修理飞行船。
在进入市场之前，Rockman见到一个人在废墟徘徊（他便是旧货店的老板）。原来他正考虑进入废墟。于是Rockman便进入了市场。在四周徘徊之后，Rockman终于到了旧货店（最前面的右方的店铺）。进去后问店的老板娘有关飞行船的零件时，她说老板正去了挖掘（即去了地底下找旧的零件），但是已经去了很久，于是她便拜托Rockman去找他回来。受旧货店的老板娘所托，Rockman便到了那个废墟找旧货店的老板（在进入市场前的左方）。进入后，Rockman一直听到有人求救，Rockman便一直前进，沿途会有一些里佛巴特，终于见到了旧货店的老板，他正被一群里佛巴特的蛇围着，Rockman便立刻为他解为，消灭所有敌人。其后，旧贷店的老板谢谢Rockman求了他，并说出去后可到他的店中给Rockman一点东西便溜了。此时玩家可以继续前进，因为前面有「快速发射」的零件。
回到市场途中会见到一只飞行船及两个小机械人，进入市场后，Rockman便找旧贷店的老板，他们为了答谢Rockman，于是便送了Rockman一个「地雷零件工具箱」及一部补给车，可是他们没有船的零件给Rockman。而且Rockman更得知如果得到了B级挖掘工执照便可以从南方的森林及北方的克罗赛森林进入废墟。
第二章～卡特罗克斯之危机
Rockman于是便出去找那部车子，而萝儿及达它亦来到，而一行人便进入了车子中，萝儿在车子中找帮Rockman改装「地雷零件工具箱」为放置地雷，她亦会好好地修理车子。（以后如果得到任何旧的零件可以给萝儿改装的）。离开车子后，有一名警察前来给Rockman识别卡，同时亦告诉他们海盗前来攻击这个城市。于是Rockman便进入市场的尽头见到三名小孩，Rockman要慢步接近才可以偷 听他们所说话内容…。
进入城市后，画面一转，见到一个少女与三个小机械人商议…。Rockman进入后一直上去北面市政厅前进。进入后见到一名少女（她便是海盗）…，进入了市政厅后，见到巴瑞尔和市长，原来市长是巴瑞尔老朋友。巴瑞尔更拜托Rockman照顾萝儿及提防海盗。出了市政厅后，Rockman听到一把少女的声音，原来她正被一只狗追着，Rockman于是跟着她们去南门，在那里Rockman为那名少女解围，而少女亦在解围后离去。Rockman再到市政厅，见到三名男孩与警察交谈，得知他们正应为那名少女是海盗。Rockman便找萝儿商量，但见到那只飞行船正开始攻打城市。萝儿担心巴瑞尔的安全，于是他们进入城市。在市区中见到两名警察，他们以安全理由阻止Rockman等人进入，但最终Rockman便进入。（玩家最好先装备能源水壶及炸弹才进入，因为玩家须要连续打四场战斗）
在北门见到多部机械人围着，而且还锁了门，交谈之后得知他们是邦氏家族，而且正打算攻击市政厅。Rockman见到后便只好与他们决斗。在这次战斗中，Rockman的主要目的不是要击败所有的敌人，而是取得在他们手上的锁匙。他们有三部战车（他们各布特性：红的很会战斗、蓝的速度很快、黄的体力很高），两部飞行战斗器，玩家最好是主攻地上的战车，他们会常常传递锁匙的，所以玩家要看准哪一部才是有锁匙。玩家亦可以分散进行攻击，从而分散他们的攻击力。
当击败他们、取得锁匙后，那名少女驾驶一部机械人前来，原来她的名字叫特朗。而这埸战斗亦无可避免的。特朗所用的攻击模式主要是以炸弹、火炎及地震为主。玩家只须要小心她的攻击模式，如当她用炸弹时可接近直接攻击。这一场战斗不是太过困难。
当特朗被打败后，她便逃去，而Rockman亦前往市政厅中。进入了北门后，新闻报导员正在报导海盗围攻市政厅，而Rockman亦及时来到，战斗立刻展开。在这个Mission，玩家要一方面防止敌人攻击市政厅，不能让它被破坏，另一方面亦要击败所有敌人。红色的机械人会主攻市政厅；而黄色的机械人会攻击接近它的建筑物；上空的机械人是会一方面攻击Rockman，另一方面在地上的机械人被消灭时，它会拿新的机械人破坏市政厅。所以即使消灭了所有地上的机械人也好，它们会无限地出现的。玩家可以先消灭地上攻击市政厅，再攻击空中的机械人，攻击空中的机械人时，玩家须要用锁定模式攻击。
当消灭了所有的机械人时，另一部黄色的机械人会前来攻击Rockman，〔它主要用舌头、双手攻击Rockman〕而且它会破坏附近的建筑物。玩家可以不时接近一些建筑物（如树），引它注意，再攻击它便可消灭它了。当Rockman消灭了它时，特朗会带它离开。而画面一转向敌人的首脑邦尼身上，他正在期待着今天的新闻，不料Rockman竟破坏了自己的大计，而且决定下次一定要消灭Rockman…。
第三章～雅仕平原之战
战斗过后，Rockman和萝儿一起进入市政厅找巴瑞尔，而市长亦同时给了Rockman一张B级执照，有它便可以挖掘卡尔登森林及克罗赛森林的废墟。此时有一名警察进来报告海盗正前往森林北面挖掘，市长亦正式拜托Rockman拘捕他们。（其实玩家亦可以先到两个废墟中拿取一些道具才进行游戏，不过有很多地方要后其才可以得到的。）
出了市政厅后，萝儿亦把车子修理好了，这部车子可以用对讲机联络萝儿，用它作为交通工具，而Rockman亦可以把废墟中找到的旧零件给萝儿改装为新的武器。于是Rockman便前往市政厅的北门，Rockman见到海盗的坦克，玩家可以逃避、或可以逐一消灭它们。途中可见一些屋，一间是可见到警察和一些平民，另一间是旧货店的老板和老板娘（在屋的附近有一个箱，里面有安全头盔的），玩家可以向他们购买道具。Rockman便进入雅仕平原（不是废墟），先消灭那些坦克，继续前进便可以见到邦尼和他的机械人，当他见到Rockman时，战斗立刻开始。
这一只首脑只有一个弱点，便是它身后的舱门。玩家须要到他身后的平台，等待他开门攻击，而玩家亦可以先攻击它的轮底，减愎它的速度。但玩家须要攀上石头去攻击，而这只首脑是会用炸弹及波动攻击Rockman的，他会不断左右移动，玩家可以在接近时跳上平台，进行攻击，但攻击后便要离开，因为他会用手攻击平台，只要小心一点便可以消灭他的。击败邦尼后，他们亦会逃走（基本上是捉不到他们的…）。回去的途中萝儿告诉Rockman市长有很重要的事情商议，于是Rockman便回去市政厅。原来市长希望Rockman帮手搜索这个岛上的洞穴及地牢，当Rockman答应后，市长便给他一张A级执照，Rockman便可以搜索岛上所有的洞穴。
第四章～卡尔登森林中的废墟
于是Rockman便再到南面的卡尔登森林的废墟（用车子到卡尔登森林泉一直南后，进入洞穴，而不是在左面的废墟。）进入后，Rockman会再一次见到海盗们的坦克，而萝儿亦驾驶车子与Rockman一起前进。玩家须要消灭所有的坦克令萝儿可以驾驶车子前进。当到达卡登尔森林的废墟时，会见到一个闸门，萝儿便决定用车子撞破它（玩家须要进入车子再出来）。而Rockman便可以进入废墟了。
进入后，Rockman立刻见到一颗水晶，但是它被护甲保护，而解除护甲的激活器须要三只锁匙才可以运用，于是Rockman只好深入废墟寻找锁匙。这个废墟中的里佛巴特也很强，其中一种会在见到Rockman时冲前攻击他，玩家须要小心，当它的攻击落空后再消灭它。而三条锁匙皆在洞穴之中，一条在是C2的地面上，一条是在一个箱子中，玩定须要在C3的运输带中激活运输带，将箱子运到压土机之中才可以得到，最后一条是在C1左面的图中，玩家须要连续快捷地按下工个键才可以打开障碍物，而途中玩家可以在C2得到的跳跃组的，一个非常重要的零件（不要忘记搜索洞穴中墙上的小洞呀）。当Rockman取得三条锁匙后，便回到最上一层取得水晶，今次取水晶时却没有任何异动，于是Rockman便可以安全地取去水晶。
小注
当Rockman取得水晶后，回到萝儿的车子中，萝儿便为Rockman改装了跳跃组为「跳跃」，Rockman便可以跳跃上以前到不了的地方取旧零件，如卡尔登森林中的废墟等。此外，玩家亦可以为市长捐钱重建，回到克罗赛森林中以前的一所空屋中会发现三名小孩正在建立基地，要求Rockman找一个铁镐改建，如果玩家玩家已经捐钱重建城市便可以向建筑工人借的，借了便回去给他们，隔一段时间再来时（玩家可以进行游戏进度），他们已经改建了一点，但须要锯子，于是Rockman只好再向建筑工人借，不料他已经掉了在市区中的垃圾桶，玩家可以在市区中的垃圾桶找到的。给他们后再隔一段时间，他们会完成了改建工程，而玩家亦可以得到「灰狼炮弹」的零件。
第四章～裘恩湖之战
得到第二颗水晶后，Rockman便找市长，得知裘恩湖也许受到海盗的攻击，于是Rockman便到市区的西面住宅区的租船处，得知他们不见了所有的船只，只留下一只坏了的船，Rockman于是便叫萝儿来。后来得知须要折射镜的水晶才可以修理，萝儿便擅自修理船只。而船长后见萝儿很是喜欢机械，于是便给他们用这一只船到任何地方。修理后，Rockman和萝儿便用它到裘恩湖中的废墟。然而他们发现有海盗，受到他们攻击，Rockman亦只可以和他们展开战斗。
这一次的战斗主要是保护船，不要被海盗击破。这些海盗有三种机械，两种是海上的机械人，黄色的会发射飞弹攻击船，而红色的会用鱼雷攻击，最后一种是飞行的。玩家不须要执着将它们一一破坏，只须要小心击破它们的鱼雷、飞弹便可以，必要时更可以攻击机械人。当敌人慢慢地离开后，邦尼用了一所很大的机械人攻击Rockman和萝儿。一开始是不可能攻击它的，玩家须要小心地攻击它的飞弹便可，萝儿便会问Rockman要撤退还是继续攻击。玩家可以先行撤退回复船的能源及储存记录，之后再与邦尼决一死战。
这一次玩家先要攻击它的飞弹，等待进入了一条小河后，萝儿便会告诉Rockman可以攻击它的武器及双手，不过要留意它的飞弹攻击。玩家一一击破后；邦尼便会用波动弹攻击Rockman，而玩家亦要攻击它，当击中时它便不能发炮。在这关玩家宜装上一些增加范围的道具，以便攻击。胜出后便可以到达裘恩湖的废墟。
第五章～裘恩湖的废墟
达它会在废墟前让Rockman储存记录、回复能源。进去后，玩家须要找三条开启器锁匙。在D 1中可拿到老喷射滑板，将它和之前在卡尔登森林中所得的滑板给萝儿便可以得到喷射滑板而在D3两旁的宝箱可得到二条锁匙，中间的宝箱是连结插头，它可以被改装为转接插头，让Rockman可以装备多一个雷射枪零件。在D6中，玩家最好装上喷射滑板以一直冲前，而中间两条信道是前往卡尔登森林的，玩家可以拿取道具。最后的一条锁匙在D5中，取了锁匙后，中间的首脑便会开动攻击Rockman。
这只首脑的弱点是在头部，玩家最好装备上跳跃及范围攻击它，而它最主要是会冲向Rockman身，上再跳回中央，跳回时会震动地面，玩家须要跳过再攻击。终于，Rockman击败了这只守护神，回到萝儿到。
Mini Game
当玩家得到了喷射滑板后，玩家可以回到城市的住宅区中一所游戏中心玩，当中有五个游戏，二个是射击，三个是跑步。当玩家在这些游戏中胜出后便可以得到金钱，如玩家可以在A级胜出时更可以得到道具。
第一个游戏是用球踢中前面的狗，如果要在A级中胜出便一定要踢中途中出现闪光的狗，它只会出现两次，而玩家基本每一球上是不容有失的，胜出的话便可得到「玩具剑」。另一个游戏是用Rockman的雷射枪打气球，如果玩家想得到道具便不可以打中蓝色的气球，因为会增加时间的，此外，笔者亦建议玩家尽量装备Energy和Rapid的雷射装备，以增加攻击的子弹和速度。胜出后便可以得到「神秘球」。而在跑步的游戏中，玩家可以选择三种的，如果玩家能在游戏中的A级胜出便可以得到道具。不过玩家一定要善用左右旋转键及加左右键，如果同时按左键加左旋转键便可以转得更快，如玩直路的赛道便一定要使用，而且亦一定辰用黄色圆锥加时间。在直路胜出可得到「全单位」，而在左转的赛道中胜出可得到「音乐盒」。
第六章～克罗尔的地底门
回去后，当萝儿得到水晶后便告诉Rockman可以修理飞行器，而当他们放进红色的水晶入飞行器时，它便可以激活，萝儿和Rockman便可以用它到克罗尔的地底门（在飞行器中的巴瑞尔房间可得到炸弹图解），于是他们一行人便到克罗尔的地底门（玩家最好先装备上大型榴弹，因为在这个洞穴要用…）。
在这个地底门中，玩家可以在E3中发现地底门没有电，而开启电力需要三张识别卡。第一张在E5可以得到，而第二张在E7的左方可以找到，而且还可以开启升降机的电力。而在E8中玩家需要用大型榴弹向上面其中一座假墙炸开。第三张识别卡需要打败首脑才可以得到。而这个洞穴六可通往卡尔登森林取得道具。在这一关中的首脑是三只狗，它们会不断追着玩家，而且亦会用火炎攻击的，玩家可以用跳跃走到它们身后攻击，再逃亡，如不断攻击便可以将它们一只一只击败，不过玩家最好不断在旧货店中购买新的雷射枪，打高三只狗最好先装备上Attack和Energy的雷射枪才战斗。战斗过后，在E10可到E7的上方取得最后一张识别卡。当取了所有的识别卡便可回到E3开启系统，而这个系统是开启了「大门」的入口。
第七章～邦尼之空袭
Rockman一行人开启了「大门」的入口时便用飞行器回到卡尔登森林，不料邦尼竟在途中空袭Rockman。这一次的邦尼用上了他们的飞行器直接攻击Rockman，而这场战斗有三场的，第一场是先打败邦尼所派出的五只飞行船，可以的话，玩家最好装备上范围及能量的雷射枪，以免因距离问题而打不中。打这五首船不需要甚么技巧，只要不断地攻击便可。而第二次是打邦尼的飞行船。玩家需要先打败它的两只翼和底部，而它会不断飞往玩家的左右两旁。它起初会用三个炮台攻击玩家，玩家只需要先击破它们，再攻击它的翼及底部便可以取胜。当击破了它的左右两翼及底部时，它会用前方的波动炮攻击玩家，玩家只需要立后一点，不被它击中，不断地攻击便可以取胜。最后一只首脑是在邦尼的主船被击破后所用的飞行机械，它的速度很高，而且它所发出的三颗导弹攻击力很强。玩家可以跳跃引它的导弹失误，而且跳高攻击首脑，或当它飞近用子弹攻击时用锁定模式攻击。
第八章～开启「大门」之键
当打败邦尼等人时，Rockman便到「大门」的入口进入里面搜索。这一个地底门的迷宫是很简单的，只是一直旋转向下走，途中可以得到一个雷射枪单位「∩」，再继续前进便可以找到打开地下城的门锁机械，开启后便可以将回到地面上。在市场中得知有一个地下门在市区中出现，Rockman于是便进入去搜索。进去后见到很多的机械人，玩家需要将它们所有一一击破。当打败所有的敌人后，这里其中的一处开启了门，而Rockman可以在里面找到「睡眠者钥匙」。
当Rockman回到地面时，再去「大打」时，在「打开地下城的门锁」机械的一层开启了，而玩家可以在里面找到钝掉的钻头，这一个零件可以给萝儿改装为「钻头」，Rockman可以使用它钻破一直打不开的墙壁的。不过要小心这层中有三只狗，它们是分别在不同的地方。而前往A1更可以得到发电机零件，只要用它和在这层中找到的自动发射炮筒给萝儿便可以得到「自动电池」，这个雷射枪的装备可以里Rockman装备后增加Energy至最高，是很好用的。
玩家可以先回到各洞穴中取得所有以前拿不到的道具及储存，再到这里从另一个出口到旧区的工厂中。在工厂中Rockman又再一次见到特朗及邦尼等人，他们控制一只大型的机械人与Rockman作最后决斗。这一只机械人唯一的弱点是中间的骨，它会四处破坏，而且当正面对着Rockman时更会用飞弹攻击，所以玩家最好在它身后攻击，因为宅只会用一般的炸弹，小心一点便可以胜出。在这一战后，邦尼终于承认失败，而且和特朗一行人与Rockman道别。
最终章～最终之战
和邦尼战斗过后，玩家可以发现在工厂的另一边有一个地下门的入口，这个地下门与第一个相同，只要打败所有的敌人便可以得到看守人钥匙。而玩家亦可以在住宅区中发现最后一个地下门，这一次与上二次不同，这一次的首脑是会不断地放出里佛巴特出来，当玩家消灭了一只时，他便会放一只出来，而他的弱点便是在他后面的门，只要当他开门放敌人出来时，玩家便可以攻击他。笔者建议玩家先引开所有的敌人，再消灭一至二只敌人令首脑开门攻击他。消灭仔后便可以得到最后的一条「梦想家钥匙」。
得到了三条钥匙后，玩家可以先购买所有需要的东西，再进入最终的「大门」战斗。Rockman一直前往最底的一层，用三条钥匙开启了三个大门，终于见到了最终首脑胡诺他是一名机械人，而且打算利用太空中的柱直接攻击这个岛，从而消灭岛上所有的人，Rockman当然不会让他这样做，可是Rockman已经中了他的陷阱，当胡诺离去后，幸好邦尼及朗特前来，更救了Rockman，于是Rockman便一鼓作气和胡诺作生死之战了（请先在达它储存）。
玩家需要打胡诺两次，第一次他会多跳、冲向Rockman攻击、用激光及地震攻击为主，当他失去了一半能量会多一招地震的。玩家最好增加一部份范围，而攻击力及能量加至最高，再记下他的每一招与他战斗便可以战胜的。而第二次是一只大型机械人，他的攻击模式大致和第一次相近，不过仔多了一招用火炎攻击，而且在失去了一半能量后会用地震及一条一条激光由上而下攻击玩家，这二次的战斗是很难打的，如果各位可以记下他的攻击模式，相信会比较容易战胜。
Rockman虽然战胜了胡诺，但是仍不能改变太空中的柱向这个岛进行攻击，当一切快要完结时，那条柱突然返回太空，而这个岛上的人因此而得救…。而最后Rockman一行人要离开了，萝儿便叫Rockman去和城市中的人道别再离去，道别后便和萝儿交谈，而游戏亦终结了。
武器名称 所需零件 用途
正常手臂 无 激活脚踢攻击
强力雷射 枪 大炮工具箱 长距离武器，但是火力很小
手榴弹手 臂 手榴弹工具箱 炸弹遇到墙壁会反弹
真空手臂 坏掉的马达，坏掉的螺旋桨，坏掉的清洁器 可以用来搜集破碎的折射镜片
刀刃手臂 玩具剑，笔光 能量刀，用于近距离战斗
散射地雷 地雷零件工作箱 放置地雷
护甲手臂 神秘球，灰狼手臂 允许使用保护性护甲
大型手榴弹 炸弹图解 发射高能量手榴弹
主动雷射枪 引导单位 向敌人发射自动导引火箭
钻头手臂 钝掉的钻头 高性能武器，但是射程短
机器雷射枪 布伦熊零件 火力很小的武器