延续口袋妖怪一贯作风的版本差异，可捕捉的精灵版本限定。下面一起来看看口袋妖怪xy限定宠物图鉴。
X版本限定的宠物有：海星星、宝石海星、大甲、戴鲁比、黑鲁加、土狼犬、大狼犬、可可多拉、可多拉、波士可多拉、打击鬼、妖精系精灵ペロッパフ及其进化ペロリーム、水系精灵 ウデッポウ及其进化ブロスター、妖精系神兽ゼルネアス。
Y版本限定的宠物有：大舌贝、铁甲贝、赫拉克罗斯、由基拉、沙基拉、班吉拉、落雷兽、雷电兽、扒手猫、酷豹、投射鬼、妖精系精灵シュシュプ及其进化フレフワン、毒·水系精灵ウデッポウ及其进化ドラミドロ、恶·飞行系神兽イベルタル。
另外，Mega进化所需的Mega石也存在版本限定。X版限定：喷火龙石X、超梦石X、赫拉克罗斯石、班吉拉石、雷电兽石。Y版限定：喷火龙石Y、超梦石Y、大甲石、波士可多拉石、黑鲁加石。