沉寂四年之后，救世英雄再度出山。在黑暗统治的颓废社会里，弗里曼再次为了自由挺身而出，向以布林博士为代表的暴政提出挑战。游戏的风格承延前作，剧情紧凑，节奏明快，幽默的对白时常叫人忍俊不禁，巧妙的关卡设计使战斗过程充满新奇和挑战——几乎每关都会加入一些新鲜的道具和伙伴，如汽船、重力枪、侦察车、信息素囊等。
不同特性的敌人要利用对应的武器，战斗不仅要用枪，还要用脑，在很多情况下可以节省弹药。比如对付动作敏捷的猎头蟹，最好使用撬棍；对付僵尸则最好是霰弹枪；炮塔用重力枪；狙击手用手榴弹；远方的敌人则要用弩弓来“料理”。
战斗中还要时刻观察有无可利用的东西，如地上旋转的叶片、煤气罐，这些都是对付僵尸的利器，而散落的油桶也可引起连锁大爆炸，使附近大群怪物和敌人灰飞烟灭。游戏中还增加了谜题的份量，经常要利用重力、浮力等物理特性触发机关寻找出路，使冒险的过程轻松有趣，张驰有度。游戏不仅画面逼真细腻，声效也很具临场感，不足的是枪械的模拟不够真实，几乎感觉不到后坐力，箱子等重物拿在手里也轻飘飘的毫无重感，但瑕不掩瑜，它仍不失为本年度FPS经典佳作。
第一章 进入地点
恍惚中我又看到了G-man那张如虚似幻的脸，呼唤着我继续战斗，因为我就是拯救世界文明的英雄——戈登·弗里曼……醒来时火车已抵达17号城市，来到站台（1）感觉到紧张的气氛，护卫队员们戒备森严如临大敌，电视里布林博士仍在喋喋不休地粉饰太平。穿过候车室（2）到检票口（3），按照守卫的指示进入走廊，进入警卫室（4）遇到了黑山基地的巴尼，如今他已潜伏在护卫队里做卧底。巴尼与克莱纳博士通话后，外面响起敲门声，我连忙躲入储物间（5）。爬梯子到二层平台，在地上找到几只木箱，将它们叠在一起跳到窗外。来到外面的天井（6）进入楼梯间，在二楼走廊遇到一名护卫队员（7），脸上挂着轻蔑的笑，把一只易拉罐丢到地上让我拾起来，现在还不能引起他们的怀疑和骚乱，我只有乖乖照做。前面又是一个检查站（8），移居的市民正在排队领取配给物品，随着人流穿出走廊来到城市街道上。由广场（9）沿街道往右走，前面是Y形叉路口，往右边避开侦察机的注意，跳上垃圾箱爬竖梯（10）到上面的平台，越过铁网跳到另一端。前面是T形路口，左边的胡同有护卫队员在盘查行人，还是走右边吧。拐过街道（11）看到两名居民在门前探头缩脑，街道的尽头站着两名护卫队员。往左进入居民楼（12），由楼梯上去看到走廊上护卫队员正在挨户搜查，进入房间听到居民们的抱怨声，穿出走廊由楼梯到三楼，跟随一名反抗队员进入房间，在他的掩护下穿出房间上到楼顶。往前出阁楼（13）沿斜坡上高层楼顶（14），左转沿楼顶的边沿走过去，沿着塔楼（15）的外围墙沿绕过去，跑到尽头找到窗口跳入房间（16），由地板上的楼梯跑下去，结果被堵截的护卫队袭击，天旋地转中听到一阵搏斗的声响……醒来后看到一位清秀的女子，她名叫爱莉克斯，她的父亲伊莱博士曾是我在黑山研究所的同事，不过我对她似乎没什么印象。跟着她进入电梯，不久我们来到了克莱纳博士的研究室。
第二章 “好日子”
克莱纳博士正在埋头寻找他的宠物，接着他打算利用刚研制完成的时空转输机将我送到伊莱博士那里。不久巴尼也赶来了，他在里间找到了克莱纳的宠物拉玛，原来这只所谓的“猫”是猎头蟹改造的调皮家伙，没有一点温顺的样子。穿上防护衣跑到屋角用能量插座补充能量，随后克莱纳打开传输机实验室的大门，走到右边的插座旁待命。爱莉克斯在传输机里准备传送，帮她将掉落的插头插好，然后扳动右边的开关，爱莉克斯顺利地传送到了伊莱的实验室。然而我在传送时被拉玛搞坏了仪器，结果几度被送到错误的空间，看到咆哮的鱼龙、办公室里的布林、焦灼等待的爱莉克斯等，最后回到了联合军护卫队控制的区域，我要靠自己沿着河道前往伊莱博士那里。开始时位于电厂的平台（1）上，跳落地面进入围栏找到楼梯（2）上去，穿出铁门来到胡同，这时巴尼出现在屋顶（3），丢给我一根撬棍后离去。拿起撬棍打碎栅栏（4），下楼梯穿出走廊来到火车站的天桥。由断裂的天桥跳到地面，往左跳上第一辆列车的车厢（5），打碎木箱穿出去。这时有一辆火车呼啸而来，快速跑到车厢间隙（6）躲避，跳上第三辆列车的车厢（7），由竖梯爬到车厢顶部，跳到第四辆车厢上，纵身跃过铁网离开火车站。
第三章 运河航道
沿着幽暗的走廊下阶梯，前方看到两名护卫队员在袭击一对夫妇（1）。我用撬棍将护卫队员杀死拿到手枪，沿楼梯（2）上去杀掉一名敌人，右转又是一段楼梯（3），杀掉护卫队员来到天台，穿出铁丝网可看到下面的铁轨，站到铁梯的缓步台（4）上，跳到车厢顶部再跳到对面的平台（5），这时身后会有五名追兵，用手枪射杀后跳回去搜集子弹。用撬棍破坏屋门的木板，在废屋里射爆一架侦察机，穿出去到院落（6），这时平台（7）上出现三名敌兵，引爆油桶炸死他们。然后往左绕过去找到一处弯曲破损的铁丝网（8），跳过去会受到来自对面平台（9）敌人的袭击，射杀五六名敌人后进入胡同，在标志有“入”的地方找到一条通道（10），钻进去来到铁网另一边，对面又有一处敌人的伏击点（11），跑到通道尽头由铁网的缺口跳到铁路轨道（12）上。躲开呼啸飞驰的列车，沿通道前行右转看到敌人将油桶推了下来，迅速后退避开，透过玻璃窗射杀值班室（13）里的两名敌人。进屋看到铁路对面跳下来几名护卫队员，杀掉后沿通道往前走找到楼梯，上去过天桥横越铁轨，这时铁路（14）上出现两名追兵，射杀他们后用撬棍打碎木箱进入对面的楼梯间（15）。下楼梯来到平台，跳到铁路通道里射杀三名守候的护卫队员（16），在右侧（17）找到弹药和电池等补给。往右跳入河道游到尽头，在一辆废车厢的左侧找到竖梯爬上去，由天窗跳入车厢里找到接应的反抗军（18），一名弗地岗人为防护服补充能量。穿出车厢沿河道继续前行，用撬棍破除几道木板和横栅栏，在前面看到桥顶吸附的藤壶怪，垂下来的绳状舌头待物而噬。对付它的方法很简单，在附近拾取杂物（如箱子、易拉罐、石头等）扔过去，怪物会将它们吸起吞噬，趁机穿行过去。从瓦砾堆里爬出去，看到右侧管道（19）里的反抗军被护卫队击毙，往右转射杀河道里的护卫队员和上方机枪手，在旁边的墙壁找到管道入口，由此进入反抗军避居所。拾取补给后由竖梯爬上去控制机枪（20），这时敌人开始发动攻袭，护卫队员蜂拥而至，空中还有侦察机飞来扫射，用重机枪将敌人全歼后结束战斗。
沿右侧的平台走过去，射爆支架（21）上的油桶，它会将支架的铁板炸掉，落下来铺通前方平台，跑到尽头跳下去，沿着堆满水泥管的河道走过去，注意避开头顶的藤壶怪，这里共有三个。穿出去是一个方形的蓄水区（22），往左钻进水泥管道，跳入蓄水池（23）。这时从天窗掉落几只油桶，在护卫队员的射击下发生连锁爆炸，将水道的铁栅炸开。在水中射杀天窗上的敌人，穿出管道来到河道的另一侧（24），射杀远处平台（25）的几名枪手，往前接近阻截河道的桥梁（26），上面出现四名枪手，引爆下面的一堆油桶将桥炸毁，河道的障碍清除掉了。穿过桥柱杀掉两侧跳下来的枪手，看到前面的两个桥洞被垃圾阻塞了。爬上土堆钻进狭窄的洞口，里面的通道（27）内密布藤壶怪，将油桶和轮胎等杂物丢下去，吸引它们吸噬，趁机穿行过去。由通道跳到河水中，敌人不断往下面投掷油桶，引爆，躲到水中射爆桥梁（28）上的油桶将敌人炸掉。由竖梯攀上平台跳到桥梁另一边，游到尽头爬上木台