楔子
话说这天，高数百丈的接天顶上，当今武林的四大高手：海中海离玄门主、幽灵城主鬼娘子、单锋剑尊宇文天和欧阳世家的欧阳上智被清香白莲素还真一起约到此处。原来素还真要求他们退出武林，不要再相互争雄以避免武林浩劫，生灵涂炭。但素还真和他们舌战三天三夜，还是没有结果，众人都不肯就此退出江湖。到第四天中午，素还真迫于无奈，施展玄子神功折服四人。四人尽管不是很服气，但迫于玄子神功实在太厉害，四人还是将素还真尊为武林至尊，并答应就此退隐江湖。从此，武林逐渐恢复平静，素还真也消失于武林中。直到十年后……
紫竹林、通天柱
秦假仙去紫竹林看望自己好友史贤人的女儿史菁菁，得知被黑色十字门囚禁多时的金太极已经被独眼龙刚刚救出，但一直四肢瘫痪昏迷不醒，几人对金太极的病情都束手无策。这时，奇幻海的白骨灵主在心海主宰静流君、恨海主宰暗流君、仇海主宰怒流君、情海主宰漩流君和欲海主宰急流君的簇拥下来到紫竹林，他说要医治金太极不难，但要独眼龙揭开眼罩，让他看看独眼龙的右眼是不是有霹雳眼。独眼龙迫于无奈，只好和恨海主宰暗流君入房，让他检查。恨海主宰暗流君回报白骨灵主说没有发现霹雳眼。于是白骨灵主告诉秦假仙他们，要救金太极的命，就要血肉根，而血肉根在九重天的通天柱上。独眼龙想前往通天柱去取血肉根。但秦假仙认为一人去太危险，而且通天柱在霹雳门辖区，它的高度也有四百八十丈，不是那么容易就能得手的；还是先让他去三圣门找早就想消灭霹雳门的万教武尊商量一下再说。秦假仙到了三圣门，向万教武尊说明来意，但万教武尊想先消灭黑色十字会，无法提供帮助。秦假仙只好重新返回紫竹林。途中秦假仙遇到矮侠恨天高，他打听白骨灵主的下落，想去会会白骨灵主，结果反被白骨灵主追杀，躲到百孔狭道内去了。
等秦假仙回到紫竹林，独眼龙说紫霹雳失踪了，两人怀疑他是去通天柱找血肉根去了。于是两人前往通天柱，等赶到时紫霹雳已经被霹雳门的人杀死了，临死时化为一片金叶子飞走。收拾了紫霹雳的尸首，两人继续前往通天柱。在通天柱下，独眼龙将一腔怒火全部发泄在守卫通天柱的霹雳门杀手身上，但无奈对方实在人数太多，最后体力不支眼看要支撑不住了。这时通天柱上的九眼如来半天鹰钦佩独眼龙的勇猛，即时出现将独眼龙带上通天柱，并允诺如果独眼龙能够接住他的五轮攻击就让他将血肉根拿去救人。独眼龙拼尽全力，也只能勉强接住他的四招，但还是支撑着身体要接第五招，九眼如来半天鹰见他如此勇猛，就没有继续发第五招并将血肉根给了独眼龙。秦假仙和独眼龙下山时，却被一屠勇所阻拦，幸得一无名剑客相助才得以脱困，这时黑白郎君南宫恨赶来将两人送回了紫竹林。
回到紫竹林，将血肉根给金太极服下。果然药到病除，金太极很快就苏醒了过来。这时，白骨灵主再度赶来，并告诉他们只要在四十九天内找齐五样东西，就可以让已经死了的紫霹雳象他的幽灵马车一样行走自如。这五样东西分别是：百年不死之脑（蟒中龙和百变魔女那里有）、丝毫能查之眼（就是九眼如来半天鹰的第五、六知眼睛）、通灵知性之心（黑色十字会会主之心）、操纵生死之手（玉菩心花风云、冷剑白狐和剑藏玄三人任何一人的双手）和顷刻万里之足（矮侠恨天高的双脚）。找齐了这五样东西后，然后去找创造玄子神功的人，他知道谁制造了幽灵马车。
百孔狭道、通天柱
秦假仙、独眼龙和金太极三人于是出发寻找这五样东西。三人先去百孔狭道寻找恨天高（以获得顷刻万里之足），但百孔狭道通道太多，无法抓到恨天高。秦假仙去找到金蜘蛛，将诸多洞穴口一一用蜘蛛丝封住，并将恨天高逼到了百孔狭道的死角，终于获得顷刻万里之足。
接着三人马不停蹄地赶到通天柱，但九眼如来半天鹰已经被霹雳门三教主冷剑白狐所杀，冷剑白狐想让金太极重回霹雳门，但被他拒绝，但他愿意用为霹雳门做件事为代价来换取九眼如来半天鹰的丝毫能查之眼。尽管三人知道冷剑白狐有操纵死亡之手，但自知合三人之力也无法取胜对方，只好作罢。
黑色十字门、奇幻海、三圣门、百棺机密门
取到了两宝后，秦假仙三人返回紫竹林，史菁菁已经不在了，万教武尊说她被黑色十字门抓去了。三人于是赶往黑色十字门，等杀到里面，却发现门主竟然是心海主宰静流君。黑色十字军门主不是三人对手，被三人杀败后逃走了。秦假仙估计他逃到奇幻海去了，于是三人又赶往奇幻海。在那里，秦假仙他们才得知原来黑色十字门主是心海主宰静流君的弟弟。仇海主宰怒流君将其杀死，并将通灵知性之心给了他们。这时白骨灵主嘱咐他们，要将紫霹雳的尸骨保存好，否则就算找齐了五样东西也没用。于是三人决定将紫霹雳的尸骨保存到百棺机密门去。
回到三圣门时，三圣门里正在庆祝消灭黑色十字门。有人来报在黑色十字门的地牢中发现了一具女尸，三人以为是史菁菁的，金太极更是悲痛欲绝，先行赶去百棺机密门了。从闻世先生那里，秦假仙打听到了百棺机密门的开门秘诀：百棺百棺，机密机密，百棺机密；闭门开门，开门闭门，百棺开门。赶去百棺机密门，凭此口诀，三人得以顺利进入百棺机密门，并将紫霹雳的尸骨安放好。这时，秦假仙无意发现了擎天子的尸骨竟然还未腐化，而且他曾用玄子神功击败过黑白郎君，不知他是否就是白骨灵主所说的创造玄子神功之人。秦假仙去奇幻海将白骨灵主叫来，白骨灵主却被擎天子口中一物击伤。三人仔细观察才发现，原来擎天子口中有一片金叶子，金叶子上写着：九死一生洞，九死难一生；谁若有命出，堪称天下王。
九死一生洞、翠环山、望云楼、阴司曹
于是秦假仙三人又赶往九死一生洞，九死一生洞共有十个洞穴，其中九个是死洞，一个为生洞。从生洞（从左往右数第六个，也就是离秦假仙最近那个）进入，在翠环山见到了清香白莲素还真和他的道友隐蔽红尘一线生。素还真让他们前往冲浪山珍珠地找观山望云楼楼主找寻五宝的线索。在望云楼，三人遇到了操纵死亡之手之一的花风云，花风云和独眼龙约定明天在葬龙岗相斗。去楼中，楼主让他们先休息一晚，等明天再告诉他们具体五宝的下落。晚上，秦假仙在房中睡不着，出房在楼下大厅中遇到楼主，从她口中得知原来花风云是她的儿子，而她的丈夫就是剑藏玄，但由于她的父亲欧阳上智被单锋剑法所杀，其兄欧阳麟认定凶手就是剑藏玄，并加入了奇幻海成为恨海主宰暗流君。第二天，秦假仙三人起床后，楼主告诉他们拥有百年不死之脑的两人在阴司曹并将能破解蜕变大法的吸雷针给了他们。独眼龙因要去赴约，就让秦假仙和金太极两人去取百年不死之脑。
秦假仙两人凭借着吸雷针顺利地取回了百年不死之脑，而同时独眼龙却被花风云所击败，他的霹雳眼也被花风云取走。秦假仙回到望云楼，恨海主宰暗流君也在，这时白骨灵主赶来为他前次谎报独眼龙眼中无霹雳眼一事兴师问罪，望云楼楼主为表忠心，违心将自己的兄长杀死。这时，万教武尊赶来说史菁菁没有死，此刻正和独眼龙在一起。三人赶去，金太极看见史菁菁正在替独眼龙疗伤，再加上万教武尊在旁边煽风点火，误以为两人关系暧昧，便和独眼龙割袍绝义，秦假仙无论怎么劝都没有用。秦假仙到了屋里，独眼龙正昏迷不省，于是秦假仙和史菁菁先去茅山找剑藏玄帮忙去杀花风云。这时，素还真的二徒弟小金刚赶来让秦假仙去奇幻海通知白骨灵主，一天后他将在通天柱揭穿白骨灵主的真实身份。秦假仙去奇幻海通知白骨灵主此事，白骨灵主将毁天灭地小五海召来想对付素还真。
翠环山、通天柱、望云楼、百棺机密门
秦假仙返回翠环山，在和素还真下山时遇到五海主宰和毁天灭地小五海的拦阻，素还真让秦假仙先行赶去，他随后就到。在通天柱下，秦假仙遇到了金太极。白骨灵主要金太极去杀和他在通天柱上谈话的人；而万教武尊则让他去杀白骨灵主。等秦假仙赶到通天柱，素还真已经凭借着分身术先秦假仙赶到，从白骨灵主上通天柱的轻功身法中，素还真认出了白骨灵主的真实身份——单锋剑尊宇文天。这时，神秘人物谈天欲利用空中传音将此事传至翠环山。从素还真的表情来看，他似乎对此人也有所忌惮。在和素还真的交谈中，秦假仙得知当年素还真无意间将受伤的霹雳门门主接天道救回家中，谁知他竟然和自己的妹妹素柔云好上了。结果被接天道的原配夫人谈笑梅（也就是谈天欲的妹妹）嫉妒，想加害素柔云和其子，被接天道发现后打伤并软禁了起来，但不久后她就失踪了。而接天道和素柔云随后就受了武林中最恐怖的组织——黄山八珠联的首脑紫龙天的追杀令，并在一天回霹雳门的路上夫妻几人都惨遭杀害。而谈天欲也因此和素还真结怨。与此同时，金太极在下山的路上伏击宇文天，被宇文天砍断了双臂，为了报仇，他答应了冷剑白狐的要求，跟着他回了霹雳门。
从通天柱下来，秦假仙又赶往望云楼，正赶上剑藏玄和花风云在比斗。秦假仙不忍心看父子两人相互惨杀，就将真相讲出。两人震惊之下，分别离开。花风云在路上被冷剑白狐杀死，并被取走了操纵死亡之手。
秦假仙从望云楼回到翠环山时，发现魔火教、霹雳门、奇幻海和三圣门四大门派已经将翠环山围得水泄不通，想将素还真杀死。素还真利用四大门派之间的微妙关系，提出了用“赌五杀”的方法来决定自己的生死。作为参与者，秦假仙赶去公开亭，在亭口遇到了假扮自己模样想混入公开亭的冻液成体阴尸人，将他赶走。但在上山的路上遇到了一屠龙，打他不过，只好服下他的脑尸丹。在公开亭上，秦假仙不顾自己可能遭受脑尸丹中的虫咬之苦，协助素还真将代表奇幻海出赌的情海主宰漩流君活活“赌死”。素还真将解药给了秦假仙后，让他去将紫霹雳的尸体从百棺机密门中取出后去见他。在下山的路上，秦假仙遇到了奄奄一息的琴愁云，从他那里得知剑秋风向宇文天告密，现在楼主很危险。秦假仙赶去望云楼时，望云楼已经灰飞烟灭，宇文天得到剑秋风的密报而得以幸免。
在百棺机密门口，秦假仙遇到冷剑白狐