以下内容是原本的剧情，并非是V社要计划推出第三章。
在半条命2 Eli Vance死后，抵抗军埋葬了她，秉承她的精神继续前进。Alyx和Freeman乘坐直升机很快去了南极去摧毁Borealis破冰船。另外一个规模较大的队伍则通过其他工具追随他们。
然而，Freeman的飞机坠毁了。在冰冷的暴风雪中前行、追随坐标来到Borealis后，队伍突袭了一个他们认为是联合军布置的军事基地。后来才发现联合军建造了这个结构是为了研究Borealis。
Freeman和Alyx很快发现这个坐标是破冰船预期到达的地方，并非是当前的地点。在决定寻找登船方法后，他们二人看到了Wallace Breen博士，更准确的说是，携带者Breen本人意识的引导程序。
Breen引导程序并不知道原本的Breen博士已经死去，在和两人交谈后，这个引导程序请求他们二人结束自己的生命。Freeman二人也照做了。不久，他们在拘留室里找到了Judith Mossman。这时事情很快变得糟糕起来，因为Alyx因为其父亲之死扇了Judith一耳光，而Judith则表示，自己是一个双面特工，一直为抵抗军效劳。
Alyx并不相信Judith，但他们还是一起朝着坐标前进。Judith还顺带了一些联合军的追随者。在那里他们看到了一连串故事线的不同部分。他们发现一个研究团队创造了一个传送装置，叫做Bootsrap。
这发生在入侵多年之前，当联合军终于占领地球的研究设施后，团队非常绝望，决定使用这个设备将破冰船送往他们所能达到的最遥远的地方，也就是南极地区。这个传送装置实际上能跨越时间和空间，科学家们并没有发现。
目睹这个秘密后，他们又发生了争执。Judith认为the sub必须送到抵抗军手里，但是Ayx却为了父亲的意愿想摧毁它。在争吵过后，Alyx杀了Judith。Freeman和Alyx然后驾驶这个装备有时间旅行导弹的破冰船去了联合军的指挥中心。
接着Alyx首次看到了G-Man，Alyx追随了他。由于sub要被摧毁，伏地冈人(Vortigaunts)来了并抓住了Freeman，将其送到了未来的时间线。Freeman表示研究团队大部分人他并不认识，不过偶尔有些人能记住他。
说到这里，剧本就结束了。未来将发生什么，剧本中没有说明。G-Man的起源，以及大量其他悬而未决的问题仍然是一个谜。