第一章 试炼
TCTF（注1）探员Konoko站在市郊一座仓库的顶部，3分钟前，TCTF指挥官Griffin先生从总部发来电讯，命令她潜入仓库寻找打入仓库管理层内部的TCTF侦察员Chung的下落。Konoko怎么也没有想到，这竟然就是她噩梦的开始……
Konoko很快就成功进入仓库，这时Shina-tama发来消息，提醒她注意健康指数显示仪上的读数，在受伤和体力低落时千万要及时补给；雷达会提示下一个目标点在什么方向以及是否有上下落差等。除了健康指数显示仪和雷达外，Konoko身上还有一把MK4手枪和3个弹夹，不过枪声很容易引来敌人，所以还是少用为妙（存盘点1）。
Konoko悄悄摸下楼，打晕左右的警卫，数据终端里的资料显示有人在仓库藏匿了一批来源非法的武器弹药。正想出门却发现门已经被锁起来了，门上有一个红白菱形标志，房间墙角有一台带有相同标志的控制终端可以将门打开。来到隔壁库房里，前面又是一扇锁着的门，上面有一个黄白菱形标志，Konoko按照雷达导向系统的指示，在二楼找到开门的控制终端——原来控制终端上的标志说明它能打开同一标志的门。开门来到下一个库房，收拾掉这里的警卫后缴获了一把SMG自动手枪，SMG与MK4相比单发威力小，但射速快且弹仓容量大。由于Konoko只能携带一种武器，所以只好放弃MK4，同时Konoko还缴获了一个恢复剂注射器。Shinatama告诉Konoko恢复剂不仅能恢复体力，在身体健康的情况下使用它还会让她在短时间内拥有更大的力量和更快的速度，令Konoko惊讶的是Griffin先生早就知道此事，但一直隐瞒了起来。
穿过两个库房，一个人倒在前面不远处，那正是Chung，他已经遭到了敌人的毒手。Konoko捡起Chung留下的数据存储卡，上面记载了Chung的最后信息：
“嘿，我是Chung。抱歉，我使用了密码，我不希望这资料落入他人手中。我们的猜测其实是对的——BGI是Syndicate（注2）财团的同伙。这个仓库里所有的违禁货物都是以BGI的子公司Musashi工业的名义调出的。仓库的经理曾经对此产生怀疑，并向他的员工发出警告让他们快逃。如果我被杀了，他很可能会是下一个遇害者，他是个好人，希望你能及时找到他……”
向总部汇报情况后，Konoko决定先去找仓库经理以寻求他的帮助（存盘点2）。继续往里走，轻松解决掉路上的警卫和BGI士兵，穿过几个库房（存盘点3）后遇到一个穿黑衣服的家伙。他一见Konoko就想跑去启动报警装置喊救兵，Konoko把他干掉后穿过这个库房，救下一名被BGI士兵追杀的仓库工作人员，从他口中得知经理还在楼上。上楼救出仓库经理，他会为Konoko打开通向装卸场的大门。
装卸场被一堵墙隔成了相同的两部分，有一边只有很少的警卫，清场后穿过唯一的一扇门来到另一边（存盘点4），原来敌人的大部队都在看守那辆装甲卡车！装甲卡车已经在热车准备开走。此时Shinatama发来消息：TCTF的增援部队3分钟内就会赶到。Konoko趁着敌人射击的空当从掩蔽处跃出，冲上三楼找到控制终端。操纵终端移动机械手，成功阻止了卡车的逃离。此时，TCTF的增援部队也赶到了，局面很快得到控制。根据Chung留下的资料，Konoko认为必须对Musashi工业进一步调查，在她的一再坚持下，Griffin很不情愿地答应了。
注1：Technology Crimes Task Force：高科技犯罪特别行动局，简称TCTF，是打击高科技犯罪活动和犯罪组织的专门机构。
注2：Syndicate：拥有强大军事力量的新生黑手党组织。通过高科技犯罪和科技黑市敛财，以此为根本大力发展军事力量已成为Syndicate的发展方式，其力量已经足以与某些小国家相抗衡。Syndicate是TCTF的主要对手之一。
第二章 邪恶机器 获得总部的同意后，Konoko和两个同伴来到Musashi工业，接待处小姐与Konoko周旋的同时按响了内部警报器，很快就有BGI士兵从大厅两旁冲出（存盘点1）。消灭他们后穿过大厅右侧的门，操作控制终端把旁边的门打开，在门右侧的终端里有一些关于“死亡之脑”计划的资料，其中提到BGI将展开一次大规模行动以实验他们的新型自控机器人，为此他们必须分散TCTF的注意力。继续前进，穿过几个几乎空无一人的房间后，Musashi工业的安全系统竟然自行动作，将Musashi工业的所有出口关闭了！Konoko意识到中了敌人的调虎离山之计，立刻向总部汇报了这一情况，但在总部证实这一推测之前她只能继续呆在这里寻找BGI的犯罪证据。
Konoko在走廊另一头的房间里（存盘点2）找到一个控制终端，打开了前厅二楼的门。开门回到前厅，干掉附近的敌人后得到一把SML3离子步枪和一些补给品。从二楼的门进入厂房内部，在右边的墙角里有一个能量匣。Konoko发挥SML3准确的优势，逐个把厂房里的敌人点倒之后又缴获了BGI士兵的蜂巢火箭发射器。从厂房另一头的小门上楼（存盘点3），通讯器忽然响了，Griffin先生发来消息说Konoko的猜测已得到证实——BGI正在攻击离此地10分钟路程的一个研究所，总部已经派队前往那里。他命令Konoko尽快前往增援，但在前往增援之前必须先想方法离开这里。穿过两扇门来到1号控制室，这里有一扇带棕黄色矩形标志的门打不开，Konoko只好先穿过防御带，用滑行动作从激光光栅下面钻过去。通道另一端是2号控制室，里面有一个控制终端，用它关闭过道一侧房间里控制终端前的激光光栅，回到过道里进入那个房间，棕黄色矩形标志的控制终端正在这个房间里。这时Shinatama发来消息说她探测到Musashi工业内部的实验室使用了生物控制系统，该系统还有抗干扰和反入侵能力——是“死亡之脑”！如果能控制“死亡之脑”就能进入安全系统，所以Konoko计划先找到“死亡之脑”。进入刚才打开的棕黄色矩形标记的门，操作控制终端打开过道另一侧有蓝色矩形标记的门，进去打翻几个敌人后再次操作控制终端，2号控制室里的门被打开了。回到走廊穿过防御带，进入那扇有黄色矩形标记的门，一个自称Kafelnikov博士的人惊慌失措地跑过来，他就是“死亡之脑”计划的主管人，原来这里就是“死亡之脑”所在地。Konoko把他赶走后来到楼下（存盘点4），Shinatama已经连入“死亡之脑”并切断了Musashi工业的内部网络，她正打算接入TCTF的安全节点，然后把“死亡之脑”孤立并控制住，但“死亡之脑”开始动作了！它打开了防卫系统，Konoko必须操作“死亡之脑”的断路器切断电路才能将它解决。Konoko按照Shinatama的提示连接上了4个断路器（必须重复做3次），在第3次合上所有断路器后，“死亡之脑”终于认输了……
第三章 谜题
离开Musashi工业后，Konoko立即赶到研究所。根据情报，这次攻击由BGI的头目Muro亲自领军，其目的是为了夺取基因改造工程所需要的器材。TCTF已经控制了研究所正门周围地区，但敌人封锁了正门，Konoko决定强行冲入。
着陆后Konoko马上要面对Syndicate最强的战士Barabas——一个身穿重甲、手持离子炮的巨人（存盘点1），Barabas的远战近战都很强，但弱点也很多，一是行动缓慢，二是离子炮聚能需要时间，三是非常依赖离子炮。Konoko抓住离子炮聚能的时候冲过去把他打翻在地，然后赶紧跑开，Barabas爬起来就想去捡离子炮，趁这空当儿Konoko又跑过来把他踢倒……二三十个回合后，Barabas终于支持不住，抛下一句“等着瞧吧！”就开动单人飞行器开溜了。
Konoko捡起附近的武器弹药，从左侧一扇小门进入研究所（存盘点2），解决掉一楼的两个散兵，打开两边实验室的门。这时楼上的敌人可能听到了什么响动，跑下来想查看一下，正好撞到枪口上。二楼和三楼都有不少敌人，不过研究员们也给了Konoko大量补给品。天台上就是研究所的制高点——警卫塔，只要占领了它就可以控制研究所门前的一整块区域。Konoko沿着楼梯直扑警卫塔，在塔顶只有一个BGI爆破手，打翻他后Konoko轻易夺取了警卫塔的控制权，TCTF的突击小组马上冲入研究所，但一楼大厅的敌人火力很猛烈，突击小组被压制在门外。这时刚才被打晕的爆破手爬起来想与Konoko同归于尽，Konoko急中生智把他扔到大厅里，结果大厅里的敌人反而遭了殃，突击小组不失时机地控制了一楼大厅。Konoko来到一楼大厅（存盘点3），协助突击小组解决掉隐藏在各楼层的敌人，打开三楼通往研究所后半部分的通道。穿过通道来到分解池旁，Muro已经将设备运到停车场，现在正在装货，但是一楼通向停车场的卷闸门已经关闭了，Konoko知道情况紧急，只好强行冲过天桥（千万小心不要掉进分解池）。来到楼下，操作控制终端打开卷闸门，可还是晚了一步，卡车已经启动了……第四章 尾随
Konoko跟踪Muro卡车来到机场，BGI早些时候袭击了这里，看来Muro想借混乱之机撤离。机场入口处一片狼籍（存盘点1），到处是尸体和燃烧的汽车残骸，Konoko干掉门外的BGI士兵，进入机场内部。操作控制终端打开候机厅的门，在几名机场工作人员的帮助下干掉候机厅和楼下通道里的敌人，来到停机坪（存盘点2），用缴获的SML3离子步枪远远地把大部分敌人都点倒。穿过停机坪来到另一侧的候机室（存盘点3），Muro果然在这里，他用一种奇怪的眼神盯着Konoko：“真令我感动，你的潜质居然几乎跟我一样强。但不幸的是，这意味着你对我来说将是一种威胁，我不能容忍任何威胁的存在。”潜质？是什么？趁Konoko迷惑之际，几个Muro的手下围了上来。Konoko三下五除二解决掉他们，操作控制终端打开通向修理库的门。来到修理库，干掉几个BGI士兵后进入控制室，却发现控制终端被锁了起来。只好先到对面的控制室找到开锁的终端，消灭闯入的两名士兵后，打开卷闸门，而Muro已经过去多时了。
第四章 尾随
Konoko跟踪Muro卡车来到机场，BGI早些时候袭击了这里，看来Muro