故事模式的剧情选自龙珠TV版、漫画版、剧场版等各种版本的精华部分，并适当加入些原创剧情，根据内容，分为18个篇章，每个篇章都由若干个故事组成。进入所选篇章后，右下角可以看到故事达成率，每通过一个篇章，都能开起这个篇章的隐藏关卡，直到达成率为100%才算真正完成。而隐藏角色就是在完成故事模式特定关卡后加入的，要开启所有隐藏角色，就必须达成全关卡Clear。
故事模式中，每个关卡都有特定的任务，只有完成指定任务才能过关。目前所见到的任务有以下几种：
1.制限时间内存活：这种关卡，对手一般都很强大，可以采取回避+必杀炮攻击，对手一倒地，就迅速蓄气，危险时可以使用L2+×或L2+R1R2的高速回避。(不能击倒对手)
2.制限时间内敌倒：这种关卡，有时间限制，对手实力大都和我方相当，一般就要追着打，多利用必杀攻击，击倒—>蓄气—>再击倒—>再蓄气—>……循环的方法让对手没有反击之力，如果碰上机灵的AI，就要随机应变了。(追打这种必杀太无赖了…… - -)
3.使用XX必杀击倒对手：这种关卡，只要最后一击用指定必杀击倒对手即可，如果不是，就算击倒对手，也记作失败。
4.全力击倒对手：没有任何限制，只要打倒对手就可以了，一般对手实力都较强。
5.Ringout获胜：这种条件一般出现在武道大会上，不能击倒对手，只要将其打出界就行。
【必杀技通用操作】
L2+○ 消耗气力槽 效果通常是让必杀槽MAX
L2+上+○ 消耗气力槽 效果通常是辅助类的，比如加攻击、防御、速度……
L2+△ 消耗必杀槽
L2+上+△ 消耗必杀槽
L2+下+△ 消耗必杀槽 究极必杀，必须在Sparking模式下发动
(Sparking模式，当必杀槽MAX且有一个蓝色气珠后继续蓄气，必杀槽会变成一蓝色的气槽，MAX后自动发动)
【流程介绍】
塞亚人篇 共20关 入手人物：拉迪斯、那巴
(开启“孤独的最终决战篇”)
弗利萨篇 共27关 入手人物：多多利亚、萨博(变身后)、库鲁托、利库姆、贝塔、基纽、吉斯、弗利萨(第二形态)、弗利萨(第三形态)、弗利萨(最终形态)、孙悟空(超级赛亚人)
(开启“复仇的赛亚人篇”“宇宙最强的战士篇”“传说的超级赛亚人篇”)
孤独的最终决战篇 共3关 入手人物：巴达克、弗利萨(第一形态)、萨博
宇宙最强的战士篇 共1关
(开启“宇宙的帝王篇”)
人造人间篇 共30关 入手人物：特兰克斯(青年期、剑、超级赛亚人)、人造人19号、人造人20号、贝吉塔(超级赛亚人)、人造人17号、人造人16号、孙悟饭(少年期、超级赛亚人)、沙鲁(第二形态)、撒旦、沙鲁(完全体)、小沙鲁、孙悟饭(少年期、超级赛亚人2)超贝吉塔
(开启“威胁的银河战士篇”、“未来的超战士篇”)
未来的超战士篇 共4关 入手人物：特兰克斯(青年期、格斗)、特兰克斯(青年期、格斗、超级赛亚人)
(开启“究极的人造人间篇”)
传说的超级赛亚人篇 共1关
威胁的银河战士篇 共1关
魔人布欧篇 共21关 入手人物：孙悟天、特兰克斯(幼年)、孙悟天(超级赛亚人)、特兰克斯(幼年期、超级赛亚人)、孙悟饭(青年期、超级赛亚人)、孙悟饭(青年期、超级赛亚人2)、孙悟空(超级赛亚人2)、孙悟空(超级赛亚人3)、悟天克斯、悟天克斯(超级赛亚人)、魔人布欧(恶)、魔人布欧(善)、比迪丽、悟吉塔、魔人布欧(纯粹)
(开启“恶气的怪物ジヤネンバ篇”)
恶气的怪物ジヤネンバ篇 共1关
复仇鬼巴比篇 共1关
究极的人造人间篇 共1关 入手人物：孙悟空(超级赛亚人4)
(开启“真·究极的人造人间篇”)
复仇的赛亚人篇 共8关
(开启“地球征服计画篇”)
宇宙的帝王篇 共5关
真·究极的人造人间篇 共5关
(开启“破坏魔人篇”)
破坏魔人篇 共5关 入手人物
(开启“复仇鬼巴比篇”)
地球征服计画篇 共6关 入手人物：贝吉塔(超级赛亚人4)
真·天下一武道会篇 共8关(收集七颗龙珠，选第2个愿望后开启)
【龙珠】
大概每个地图都存在龙珠，只要破坏一定建筑，龙珠就会出现。
教大家个比较简单的方法：
赛亚人篇Battle5、6、7、8 神样的神殿 ，只要破坏中央的神殿，便会出现龙珠，可以重复打这几关入手7颗龙珠，推荐打Battle5，乐平对小林(同时还能入手合成道具)。
神龙的愿望：
1 密码 (在对战模式中，可以通过密码来使用龙珠Z3中育成角色)
2 真·天下第一武道会场 (开启故事模式中最后一篇“真·天下一武道会篇”)
3 孙悟空(少年期)使用可能
4 龟仙人使用可能
5 桃白白使用可能
6 大猿(下级战士)使用可能
7 大猿(贝吉塔)使用可能
【合成模式】
在本作中，提供了可以将游戏中获得的道具进行合成的功能，选择エポリユーシヨンZ—>Zアイテムフユージヨン进入合成模式。
在合成道具时，白色框内的道具是可以合成的，灰色的不能合成，每各成一个道具，都会消费一个Zアイテムフユージヨン，当Zアイテムフユージヨン个数为0时不能合成。
能力系：能力系道具的合成一般是加成原则：1+1=2。
辅助系：辅助系道具的合成也是加成原则，但绝大多数都是通过战斗获得的，不能合成。
フユージヨン系：按照特殊的组合来合成，如下：
合成道具1
合成道具2
获得
人造人间17号
人造人间17号
超级人造人17号
フリーザ最终形态“フルバワー”
改造手术
弗利萨（改造）
超サイヤ人孙悟空
セル完全体
沙鲁完全体（バーフエクトセル）
SS4ベジータのフユージヨン
SS4悟空のフユージヨン
悟吉塔（超级赛亚人4）
银河战士
封印解除
ボージヤツク（变身后）
ベジータ
スカウター
ベジータ（スカウター）
ベジータのフユージヨン
悟空のフユージヨン
悟吉塔（超级赛亚人）
超サイヤ人
ブロリー
传说的超级赛亚人ブロリー
超サイヤ人
超サイヤ人トランクス（青年期）
超级トランクス（青年期）
超サイヤ人
超サイヤ人ゴテンクス
悟天克斯（超级赛亚人3）
超サイヤ人
ベジット
超级贝吉塔
超サイヤ人3ゴテンクス
吸收
魔人布欧（悟天克斯吸收）
アルテイメツト悟饭
吸收
魔人布欧（アルテイメツト悟饭吸收）
超变身
フリーザの兄
克维拉（最终形态）
サイケ鬼
人间の邪气
ジヤネンバ
カカロット
サイヤ人の恨み
バーダック
超サイヤ人２ベジータ
バビディ
魔人ベジータ
超サイヤ人２孙悟饭（青年期）
老界王神
アルティメット悟饭
孙悟饭（青年期）
変身ヒーローセット
グレートサイヤマン
魔人ブウ（善）
恶しき人间の枪弾