第六章 反击
不久，总部发来消息说追踪器的信号中断了，Konoko必须马上赶回总部向Griffin先生汇报情况，而当她回到总部附近的时候却发现Muro的部队正在攻击TCTF总部大楼！Konoko抢在防火闸门落下之前冲进了停车场（存盘点1）。敌人数量很多，Konoko在大厅捡到一把Mercury Bow电磁狙击步枪，解决了一楼的敌人后在角落的控制室里找到控制终端打开主通道的门，在二楼和三楼有不少TCTF工作人员正在顽强抵抗。由于敌人已经关掉了大楼的能源供应，所有安全设施都瘫痪了，Shinatama在通讯中说敌人已经冲进了指挥中心。Konoko操作控制终端打开四楼的主通道，继续向上来到五楼。五楼以上是安全区（存盘点2），到处是全副武装的敌人。
Konoko跳过断裂的通道来到八楼，一名工作人员告诉她Shinatama已经被掳走了，他们的真正目标其实是Shinatama！Konoko急着上楼救Shinatama，可是通向高级安全区的通道已经被炸断了，电梯又因为电力中断而不能使用。正急的时候看到修理工手里的激光切割器，于是要过切割器跳到电梯顶上，融化钛合金钢缆，只听“轰”的一声巨响，电梯跌下了底层。Konoko抓着钛合金钢缆上升到了十二层高级安全区（存盘点3）。
一路狂奔冲上顶楼停机坪，但还是慢了一步，Shinatama被BGI的直升机带走了。 “又是你……”一个熟悉的声音在身后响起，是Barabas！（存盘点4）注意：把Barabas打下楼去是没用的，他还会飞回来，这里很容易坠楼，要千万小心。最终看着倒在地上的Barabas，Konoko感到眩晕的同时，也发现力量在增长……
第七章 挚友遇难
TCTF总部基本恢复正常后，Konoko来到Griffin的办公室请命援救Shinatama，遭到驳回。Konoko一气之下决定私自行动，她跟踪Muro的部队来到大气交换中心，根据侦察报告，Muro早些时候占领了这里，估计Shinatama也被带到了这里。Konoko抓住哨兵回头的空当滑翔到桥头的凹处（存盘点1），解决掉桥上的哨兵后，在桥头警卫室找到控制终端打开通往厂区地上四层的门，继续往里走，在通道尽头的控制室里找到升降机的控制终端，操作控制终端令升降机下降，来到了厂区地上三层（存盘点2）。
Konoko消灭对面通道的敌人（这层其中有白色标志的门的控制终端在高台上，在门前转身向后就可以看到），拐过一个U型的大弯，借助升降机向下来到厂区地上二层，操作升降机旁控制室里的控制终端打开远处有红色标志的门，进门帮助警卫干掉一名BGI士兵（存盘点3）。
警卫告诉Konoko，要到达厂区另一侧最快的方法就是直接通过能量传输管，能量流对人体非常危险，控制终端可以暂时停止能量流的传输，但每次只能停止25秒（由Konoko操作则只有20秒）。等警卫操作控制终端中断能量流后，Konoko跳上能量传输管，向着对面飞奔。对面有个拿SML3的敌人，在这么窄的地方是没有方法躲的，只能一鼓作气冲过去。刚跳上对面平台，能量传输就恢复了（存盘点4）！干掉附近的敌人后，Konoko出门到对面，用控制终端开门进去，又是一个飞奔20秒，这次不用冲到对面（要真冲到对面的话，可得到一些装备，但就得重新跑一遍这两根管道）。
管道中部左侧的平台通往厂房地上一层，Konoko在那“下车”，操作控制终端把门打开（存盘点5），里面是发电机房。通过这两个房间，来到一道大门前，收拾掉这里的敌人后，Konoko再次感到眩晕，同时身体内部涌出强大的力量——难道说这就是所谓的潜质在发挥作用？
第八章 无辜的生命 Konoko穿过大门，来到一间高大的厂房中，在隔壁的车间里找到了Shinatama，她受了严重的伤而不能行动。她说出一些令Konoko震惊的事：Konoko的真名叫Mai Hasegawa，她体内有一种惊人的潜质；Shinatama自己则是TCTF专门用于监视Konoko以及她体内潜质发展的SLD（注3）。
Konoko一时之间无法接受这一事实，而此时在TCTF总部，恼羞成怒的Griffin以实验已经失败、不能让Konoko失控为由，指示手下发出使Shinatama自爆的信号以消灭Konoko。
“Konoko，你快走……我刚才收到TCTF总部发来的自毁信号，我不能停止倒计时，只能拖延时间，快走……别管我……” “Shinatama，我绝不会扔下你不管的！我会帮你……”
“再见了，Konoko……”
这时楼上的门是逃生的唯一希望，Konoko冲上顶层，随着门在身后的关闭（存盘点1），一阵地动山摇……Konoko悲不自抑。
出去的唯一途径是走能量传输管道，Konoko操作控制终端暂时关闭了能量传输，只有30秒时间冲过去。从对面控制室的工作人员手里得到电磁盾，走出控制室，解决楼上的几个敌人，一名工作人员告诉Konoko，因为刚才的爆炸，污水处理场的控制系统损坏了，而要离开这里必须通过污水处理场。操作控制终端把门打开（存盘点2），里面氧化电极不停地放出闪电，防御机器人也在满地乱跑，Konoko抓住闪电掠过的间隙跑到断路器旁，操作断路器使放电暂停。穿过车间下楼，眼前又是一条能源管道，Konoko再次飞奔到对面控制室，出门来到管理中心（存盘点3）。
将BGI的家伙解决掉后，一名技术人员告诉Konoko可以到通风系统那里碰碰运气，如果排气扇没有工作的话，可以从排气孔钻出去，但非常危险。
来到管理中心五楼找到控制终端，用它打开六楼通向通风系统的通道，两名TCTF警员跑过来，却没有向敌人发起攻击，而是径直朝着Konoko扑来！原来Griffin在Konoko离开TCTF之后就宣布她为叛变分子。Konoko没有时间解释，从他们中间冲过，进入电梯，来到六楼控制室，这里竟然还有一名TCTF警员。
Konoko将他打翻在地，操作控制终端关闭能量流，然后以最快的速度冲向排气扇，眼看就要到通风口了，没想到TCTF为了阻止她逃离竟然启动了排气扇！风力越来越强，Konoko忽然飞了起来，幸好抓住了通道的扶手，得以冲天逃生，还没来得及庆幸，就听到Griffin宣布她为B级通缉犯的命令，Konoko该何去何从呢？
注3：SLD，即Simulated Live Doll，模拟生命体。SLD计划旨在以人造器官部件的组合实现人体机能，可以广泛应用于警备、消防、制造、航空航天等领域。
第九章 真相和结论
Konoko经过仔细思考，决定到政府办公大楼寻找有关自己身世的资料。因为Konoko换了装束，直到政府大楼门前都没有遇到任何麻烦。但是刚进门，就看见前面躺着两名警卫人员，一个Syndicate的忍者闪电般消失在大楼的拐角处，Konoko刚想追过去，身后忽然传来一声断喝：“喂！你旁边躺着那两个人是怎么回事？跟我们回去录口供！快点！”原来是两个警卫，Konoko迅速将他们打翻在地，从一楼右侧的小门进入建筑物（存盘点1），房间里也有一个警卫，只好把他放趴下；大厅的警卫可能察觉了，想过来查看，自然要一视同仁。二楼三楼都戒备森严，Konoko只好从隔壁房间绕过大厅，在对面的小房间里找到二楼前门的控制终端。
将门打开后，Konoko原路返回到大楼入口处，上二楼进入右侧的门，从左边的门出去来到走廊，趁别人不注意溜进隔壁的房间，控制终端果然在这里。操作控制终端打开三楼前门，来到三楼。刚进右边的门，一个市民就高喊起来：“恐怖分子！那个恐怖分子在这里！”警卫们马上冲过来，Konoko没有别的方法，只好摆平他们。打扫战场的时候在房间阳台上找到几个恢复剂，现在暂时只能以恢复剂弥补武器上的不足了。
房间里有一台控制终端，这种控制终端一共有3台，在3台控制终端输入同样命令后通往楼顶的门才会打开。Konoko操作这个房间的控制终端打开了第一道锁，出门一看，在通道上就有一台同样的控制终端，但楼顶有一支Mercury Bow正瞄着这边呢！Konoko使了点小计谋把这个狙击手干掉，然后操作控制终端打开了第二把锁，第三把锁在通道另一端的房间里，很容易就打开了。
这下通往天台的门打开了，Konoko冲上天台，干掉控制室里的警卫，操作控制终端打开一楼通向地下资料室的门，来到地下资料室[存盘点2]，这里又有激光光栅，不过这难不倒Konoko。穿过光栅后进入资料室放倒警卫，Konoko本以为能尽快找到资料然后撤离，没想到一波未平一波又起，有人侵入了网络强行终止了她的连接，而且资料也被删掉了！Konoko怀疑是刚才看见的忍者在捣鬼，决定到大楼内部看个明白。
这时Konoko身后的两台控制终端已经可以使用了，其中一台从标志来看是用来开刚才锁着的那4扇门的，还有一台好像是打开某个控制终端的使用权限——三楼的一台控制终端先前一直锁着！事不宜迟，Konoko赶紧回到前门，直奔三楼那台控制终端，果然，这台控制终端已经可以使用了，根据上面的标志显示，这是用来关闭某个地方的激光光栅的。解决了一直尾随的几个TCTF后，Konoko从三楼通道的门进去，来到办公大楼的后半部分，这里的墙上有不少光栅导轨，看来刚才关闭的就是这里的光栅。
忽然旁边的门里冲出一个忍者——Syndicate的忍者！不过却不是刚才那一个，Konoko将这个忍者放倒后继续前进，在走廊尽头的房间里找到打开大楼侧门的控制终端。来到三楼走廊尽头的房间（如果先到楼下，可以得到不少好武器。从大楼侧门还可以跑到街上，如果对自己的战技有信心可以试试把街上的Syndicate士兵收拾干净，不过要事先提醒你，他们都配备有长距火力哦）。
刚进大楼时遇到的那个忍者正在这里的电脑前忙着什么，见Konoko进来，慌忙转身从电脑里抽出一张光盘，果然是这家伙偷了资料！忍者见势不妙一个空翻撞碎窗子逃了出去，Konoko紧跟其后，好不容易把他逼到一个高台的边缘处：“你跑不掉了，把光盘还给我！”没想到……
第十章 猫和老鼠
忍