虽然游戏能够破解，但是破解完后玩家在运行游戏也会遇到种种的问题，刺客信条3这款游戏也难逃厄运，玩家要想进入刺客信条3首先还需连接UPLAY，这样所出的问题就会比其他游戏更多。
玩家运行刺客信条3游戏时经常遇见的有以下问题：
一、游戏启动时出现如图的白框
解决方案：先启动Uplay，然后点击游戏目录下的AC3SP来启动游戏
二、启动Uplay失败，如图
解决方案：点击Try again（重试）进行多次尝试，点击go offiline会导致无法进入游戏
三、登入Uplay后 出现如图画面，不知道如何启动游戏
解决方案：到游戏目录利用AC3SP启动即可，游戏会自动加载到Uplay界面
四、输入CDKEY，点击OK无效
解决方案：点击右上角的齿轮按钮进行设置，将language选项中的语言改为english，千万不要用中文！如上图
五、已经能够看到Play，也能够点击single play选项，但是依然无法进入游，如图
解决方法：游戏会弹出自动更新，更新完大约800M，更行完即可进入游戏。
PS：以上问题仅限于已经安装了破解补丁以及注册表补丁的玩家